Как и Декарт, Спиноза вернулся к онтологическому доказательству существования Бога. Факт Его существования подтверждается самой идеей «Бога», ибо совершенное существо, которого нет, является противоречием на понятийном уровне. Бог существует уже потому, что только Он приносит несомненность и убежденность, необходимые для вывода прочих истин о действительности. Наше научное понимание мира исходит из того, что вселенная подчиняется незыблемым законам. Для Спинозы Бог был просто принципом упорядоченности, суммой всех извечных законов бытия. Бог — сущность материальная, тождественная и равнозначная царящему во вселенной порядку. Вслед за Ньютоном, Спиноза обратился к давней философской теории эманации. Поскольку Бог имманентно присутствует во всем сущем — как материально, так и духовно, — Его можно определить как Закон, властвующий над бытием всех вещей. Рассуждения о деятельности Бога во вселенной — это просто один из способов описания математических и причинно-следственных принципов мироустройства. Это было полное отрицание трансцендентности.
Хотя доктрина Спинозы и выглядит суховатой, самому философу этот Бог внушал поистине мистический трепет. Как совокупность всех законов бытия, его Бог был высшим совершенством, приводящим сущее к единству и гармонии. Созерцая деятельность своего мышления тем способом, какому учил еще Декарт, люди раскрывают себя вечному и бесконечному бытию Бога, чьи деяния совершаются в их собственных душах. Как и Платон, Спиноза верил, что интуитивные, спонтанные наития обнаруживают присутствие Бога намного явственнее, чем кропотливая работа по накоплению фактов. То счастье, какое даруют нам знания, равнозначно любви к Богу, к божеству, которое является не бесконечным объектом мышления, но причиной и первоосновой самой мысли, то есть пребывает в тесном единстве с бытием каждого человека. Нет никакой нужды ни в откровениях, ни в ниспосланном свыше законе: этот Бог и так доступен всему человечеству, а единственная Его «Тора» — предвечные законы природы. Спиноза совместил метафизику с современной ему наукой: его Бог перестал являть Собой непостижимое «Одно» неоплатоников и сблизился с абсолютным Бытием, описанным такими философами, как Аквинат. С другой стороны, Бог Спинозы был схож с мистическим Богом, чье присутствие ощущали в себе ортодоксальные приверженцы единобожия. Иудеи, христиане и философы обычно считали Спинозу атеистом: у его Бога не было никаких личностных черт, Он был неотделим от всей реальности. Спиноза действительно использовал слово «Бог» только по историческим причинам: он соглашался с атеистами в том, что действительность нельзя делить на части «Бог» и «не-Бог». Но если Бога невозможно отделить от всего прочего, то нельзя и говорить, будто «Он» существует в сколько-нибудь привычном смысле слова. Спиноза заявлял, что нет того «Бога», который соответствовал бы обычному смыслу, какой вкладывается в это понятие. Впрочем, мистики и философы отмечали то же самое уже давно. Кое-кто из них говорил, что помимо известного нам мира есть только «Ничто». Если бы не отсутствие трансцендентного Эн Соф, пантеизм Спинозы очень напоминал бы каббалу; во всяком случае, в его атеизме ощущается родство с радикальным мистицизмом.