А.Д. Муратов, очевидно стараясь загладить свою вину перед большевиками, воевал против восставших мужиков с большим рвением. 1-го марта он с летнабом Каменским лично летал бомбить село Отхожее, а 31 числа того же месяца с летнабом Сергеевым бомбил конный отряд повстанцев у деревни Малютино. В это же время другой самолет сбросил бомбы на саму деревню, от чего, согласно послеполетному докладу, там загорелись два дома. С мая по август 1921 года Муратов совершил более 50 боевых вылетов. Усердие командира «Боевой воздушной эскадрильи» было оценено по достоинству: за тамбовскую операцию он получил Орден Красного знамени. Кроме него, ту же награду вручили летчикам Денисову, Савину и некоторым другим.
Муратов был не единственным бывшим белым пилотом, воевавшим против антоновцев. Кроме него, в состав «Боевой эскадрильи» входили бывшие колчаковцы Галышев, Дудка, Васильев, Балягин и Шмотин, уже успевший отличиться на польском фронте. Но у комиссаров их благонадежность не вызывала опасений, поскольку возможность бегства кого-либо из авиаторов к «зеленым» казалась полным абсурдом. Да и никакого сочувствия к восставшим крестьянам эти летчики не проявляли, считая их «бандитами».
11 апреля советская авиация произвела групповой налет на крупный отряд повстанцев, отступавший из села Рассказово. В налете участвовали шесть самолетов, сбросивших 200 кг бомб. По оценке командования, действия летного состава были «выше всякой похвалы». От бомб и пулеметного огня с воздуха погибло и получило ранения около 300 человек. В эскадрилье боевых потерь не было, поскольку по самолетам никто не стрелял, но два «Сопвича» вышли из строя из-за поломок моторов.
К началу лета основные силы повстанческой армии были уничтожены. Количество антоновцев, продолжавших партизанскую войну, сократилось до восьми – девяти тысяч, вооруженных только холодным и легким стрелковым оружием. А численность красноармейской группировки, сосредоточенной в тамбовском боевом районе, достигала уже 43 тысяч человек при 53 орудиях и 453 пулеметах. Такое соотношение сил делало положение «зеленых» безнадежным.
Состав «Боевой эскадрильи» к тому времени также претерпел изменения: теперь в нее входило штабное звено, 6-й, 20-й и 39-й авиаотряды, «авиационное звено особого назначения», а также 2-й авиапарк и 11-й авиапоезд-мастерская, где ремонтировались неисправные машины. Наиболее современной и однородной техникой был оснащен 6-й отряд, владевший шестью трофейными «Де Хэвиллендами». Остальные отряды летали на «сборной солянке» из «Сопвичей», «Фарманов» и «Ньюпоров» разных модификаций, а в 20-м отряде имелся даже один «Вуазен».