По состоянию на 26 июня общая численность самолетов в эскадрилье составляла 25 самолетов, но лишь 10 из них были исправны, а остальные либо находились в ремонте, либо подлежали списанию. Хуже всего обстояли дела в 39-м отряде, где на четырех пилотов имелось всего два боеспособных «Сопвича».
Не неся боевых потерь, эскадрилья жестоко страдала от аварийности, обусловленной сильным износом матчасти. Как правило, аварии обходились без жертв, но если они случались в полете над вражеской территорией, то участь авиаторов была трагичной. Повстанцы, пережившие воздушные бомбардировки, были беспощадны к пленным летчикам. Так, 1 июня 1921 года в расположении антоновцев совершил вынужденную посадку двухместный самолет, пилотируемый летчиком Сомме. В качестве пассажира с ним летел начальник оперативного управления Штаба войск Тамбовской губернии Тищенко. Партизаны захватили их в плен и после жестоких издевательств зарубили саблями, а потом сожгли тела вместе с самолетом.
17 июня летчику Бельману, летевшему на «Фармане» с комиссаром Родионовым, также пришлось садиться на вынужденную. К их несчастью, поблизости оказался отряд повстанцев. Антоновцы окружили самолет, и экипаж, опасаясь пыток, предпочел застрелиться...
Летчику Смирнову и комиссару 1-го артиллерийского отряда Щербакову повезло больше. Еще в марте их самолет из-за отказа двигателя сел в поле возле деревни Большие Талинки. Сразу после посадки авиаторы заметили, что со стороны деревни к ним бежит толпа мужиков, вооруженных ружьями, топорами и самодельными пиками. Щербаков со Смирновым успели выскочить из кабины и скрыться в лесу, а затем выйти к своим. Аэроплан же был захвачен и сожжен восставшими крестьянами.
6 мая войска Тамбовского района возглавил недавний «победитель Кронштадта» М.Н. Тухачевский. 12 июня он издал приказ о применении против повстанцев химического оружия. Приказ распространялся на артиллерийские и авиационные части. Но летчикам не пришлось участвовать в «химической войне» против собственного народа. Как уже говорилось в главе 4, в России к тому времени просто не осталось химических авиабомб, и выпуск их прекратился.
Авиаторы продолжали сбрасывать обычные «фугаски» и расстреливать повстанцев из пулеметов. Наиболее заметным успехом «Боевой эскадрильи» на заключительном этапе борьбы с «антоновщиной» стало уничтожение большого отряда «зеленых», переправлявшихся на лодках через озеро Змеиное. 4 августа четыре аэроплана атаковали восемь лодок с повстанцами, сбросив на них более 150 кг бомб. Несколько лодок было потоплено, много партизан утонуло.