К началу эпохи Возрождения унитарные иерархические структуры папской дипломатической службы вступили в полосу кризиса. Святому Престолу приходилось приспосабливать свои дипломатические структуры к новой системе международных отношений, при которой независимые государства поддерживали взаимоотношения при наличии взаимного дипломатического представительства, носящего постоянный характер. Занимаемое папой в Средние века положение политического арбитра со временем замениться на роль посредника. Папская дипломатия приводилась в соответствие со светской: папа направляет своих послов к светским правителям; легаты превращаются в постоянных представителей, их деятельность теперь охватывает сферу отношений между Святым Престолом и принимающим государством.
В эпоху Возрождения папство в известной мере начинает выступать в роли созидателя западно – европейского сообщества в современной трактовке этого понятия. В связи с этим активное и пассивное дипломатическое представительство получает интенсивное развитие. На данном историческом этапе суверенные государства стремились избавиться от структур средневековой системы и в политических вопросах обеспечить себе максимально возможную независимость от папы. Но выгода сохранения своих дипломатических миссий при Папском Престоле все же была, так как папство продолжало в той или иной степени оказывать влияние на текущие политические события.
Исторические условия требовали от папства гибкой политики, так как абсолютизму правителей, протестантской реформе и наступлению ислама Святой Престол мог противопоставить лишь искусство дипломатии.
В Вестфальском мирном договоре 1648 года впервые были сформулированы положения о постоянной дипломатической службе. К этому моменту ее структура ничем не отличалась от структуры дипломатической службы других государств.
В Европе эпохи Просвещения борьба монархов с верховенством Римской Курии, влиянием ордена иезуитов развивала юрисдикционализм, т.е. признание фактического права за светской властью контролировать взаимоотношения между национальной Католической Церковью и Святым Престолом. По сути это означало невмешательство Церкви в дела государства. На этой основе были разработаны новые концепции суверенитета, ставшие ключом к пониманию отношений между церковью и государством в XVIII веке. Согласно данной концепции признавалась только одна власть – светская, следовательно, один государственный суверенитет – светский, а не церковный. Но при этом, светские правители в данное время согласились признавать внешнеполитический и светский аспект дипломатической миссии папского нунция.