Великая Французская революция и реформы Наполеона окончательно разрушили Средневековую модель соединенной воедино светской и духовной папской власти.
Статусу Папы и его дипломатической службы на Венском конгрессе папские дипломаты уделили особое внимание. Духовный сан папы снискал формальное признание в «Регламент о рангах дипломатических представителей». Понтифик был включен в число крупнейших монархов, а европейские державы впервые юридически зафиксировали признание папского нунция в качестве официального дипломатического представителя в статусе чрезвычайного посла.
Таким образом, на протяжении истории выстраивалась новая система взаимоотношений между светской и духовной властями. Постепенно государство отступилось от концепции неделимого суверенитета, а конституционное право признало «духовный суверенитет» папы. В дальнейшем эта система приобретала очертания «свободной Церкви в свободном государстве»
Папство XX века согласилось с существованием двух независимых суверенных властей – Церкви и государства, каждая из которых является верховной в своей сфере. Международный статус паства сегодня базируется на двух принципах: религиозном авторитете и светской власти. На основе Латеранских соглашений (договор – конкордат и финансовая конвенция, подписанные представителями Ватикана и Королевства Италии в 1929 г.), папа снова был признан светским сувереном в собственном, хотя и довольно символическом, государстве.
Заграничная служба Ватикана приобрела современную конфигурацию в начале ХХ. В 1908 году был принят кодекс Канонического права, который до 1983 года определял основные функции и институты дипломатической службы Ватикана. Зарубежные миссии Ватикана состоят из миссии дипломатического характера-нунциатуры и представительства при международных организациях; апостолических организаций, не имеющих дипломатических функций.
Существенные изменения стали происходить во внешнеполитической деятельности Святого Престола после окончания Второй мировой войны. Активно начинается процесс налаживания дипломатических отношений с нехристианскими государствами. Первым таковым прецедентом было установление дипломатических отношений с Японией и Китаем (1942 год). Затем постоянные дип.представители Ватикана появились в Египте (1947год), Индии (1948), Индонезии (1950) и в других государствах.
Особой проблемой для Ватикана стало налаживание отношений с Россией. Еще в 1783 году в качестве посла прибыл нунций Ватикана в Варшаве Аркетти. Александр I открыл постоянное представительство при Святом Престоле в 1801 году. В следующем году император разрешил папскому дипломату Ареццо пребывание в Петербурге в качестве представителя папского государства, а в 1816 году глава представительства России в Ватикане А.И. Италинский получил статус посланника. Николай I посетил Рим в 1845 году и встречался с папой. Постоянное дипломатическое представительство России в Ватикане появилось лишь в 1884 году. Во главе представительства находился А.П. Извольский. Сторонником развития дальнейших отношений с Россией был папа Лев XIII. Смерть Папы, а затем Первая мировая война прервали переговоры с Россией. После Февральской революции и в годы Гражданской войны (от лица правительств А.И. Деникина, А.В. Колчака и П.Н. Врангеля) дипломатическим представителем России в Ватикане был А.И. Лысаковский. При Н.С. Хрущеве вновь возобновились переговоры о дипломатическом сотрудничестве. В 1965 году министр иностранных дел А.А. Громыко встретился с папой Павлом VI, а в 1967 году Председатель Президиума Верховного Совета Н.В. Подгорный посетил Ватикан. Эти встречи положили начало постоянным контактам представителей власти России и Ватикана.