Изменение позиции русского правительства было связано с майскими событиями 1558 года, когда неожиданно для всех пала Нарва. Часть горожан послала делегацию, уполномоченную заключить с русскими мир при условии сохранения Нарвой значительной части своих торговых и городских привилегий. Русские воеводы охотно пошли им навстречу, хотя в самом ливонском городе такие действия вызвали неоднозначную реакцию. Далеко не все нарвцы считали возможными любые соглашения с Россией.
Дальнейшие события не совсем ясны. Точно известно только одно – 11 мая 1558 года в Нарве случился пожар. Согласно большинству источников, загорелся дом парикмахера Кордта Улькена, затем огонь перекинулся на соседние дома. Вместо того чтобы тушить пламя, жители Нарвы бросились укрываться от огня в замке, кто не успел – хоронился в крепостном рву. Решив, что начался штурм, пехота построилась на городской площади и заняла позиции у ворот, но, так и не дождавшись нападения противника, от огня и дыма кнехты ушли в замок.
Пожар кинулись тушить стоявшие на другом берегу ивангородцы и московские войска. Через реку Нарову переправлялись наспех, чуть ли не на выломанных дверях, бревнах и т.д., при этом, по словам летописца, никто не утонул – все были «яко ангелом носимы». Через Русские (Водяные) ворота у замка вошли отряды под началом А. Д. Басманова и Д. Ф. Адашева, через Колыванские ворота – И. Бутурлина. Помимо борьбы с огнем московиты сразу же открыли артиллерийский огонь по замку из ливонских орудий, которые они нашли брошенными на городских стенах. Немцам же ответного огня организовать не удалось – при первом же выстреле на артиллерийской площадке башни Герман орудие взорвалось, нанеся вред всей позиции.
Русские предложили всем, кто хочет, покинуть город с имуществом, которое люди смогут унести в руках. Для тех, кто останется, царь обещает выстроить новые дома. Осажденные ответили: «Отдают только яблоки да ягоды, а не господские и княжеские дома». Дальнейшие переговоры выявили разницу менталитета: ливонцы утверждали, что нападение на Нарву незаконно, так как еще не закончились московские переговоры представителей ордена с Иваном IV. Русские в ответ сказали, что им нет дела до переговоров: Нарву Бог наказал за грехи и дал ее в руки православным, и они не могут от этого отказаться.
В цитадели было три бочки пива, немного ржаной муки, вволю сала и масла и пороху на полчаса стрельбы. С такими ресурсами сопротивляться было бесполезно. Начались переговоры о сдаче, ливонцы угрюмо наблюдали их завершение: русский воевода велел принести воды, при всех умылся и торжественно приложился к образу, с клятвой, что отпустит гарнизон замка и сдержит все данные обещания. Ночью начался исход из замка. Уцелевшие кнехты, рыцари, жители Нарвы, не пожелавшие оставаться с московитами, ушли к Везенбергу.