Следствие продолжалось около пятнадцати месяцев, и Троцкий кочевал из одной столичной тюрьмы в другую. «Каждая из тюрем, – писал Троцкий в своей книге, – представляла свои особенности, к которым нужно было приспособиться. Но рассказывать об этом было бы слишком утомительно, ибо при всем своем разнообразии все тюрьмы похожи друг на друга. Снова наступило время систематической научной и литературной работы. Я занимался теорией земельной ренты и историей социальных отношений России». Адвокаты, получившие доступ к заключенным, выносили в своих портфелях его рукописи, которые затем немедленно публиковались.
Д. Сверчков, находившийся в это время вместе с Троцким в заключении, позже написал в своей книге «На заре революции»: «Л. Д. Троцкий залпом писал и передавал по частям для напечатания свою книгу „Россия и революция“, в которой он впервые высказал с определенностью мысль о том, что революция, начавшаяся в России, не может закончиться до тех пор, пока не будет достигнут социалистический строй. Его теория „перманентной революции“ – как называли эту мысль – не разделялась тогда почти никем, однако он твердо стоял на своей позиции и уже тогда усматривал в положении государств мира все признаки разложения буржуазно-капиталистического хозяйства и относительную близость социалистической революции…»
Тюремная камера Троцкого превратилась вскоре в библиотеку. Ему передавали решительно все сколько-нибудь заслуживающие внимания новые книги, он прочитывал их и весь день с утра до поздней ночи был занят литературной работой. «Я чувствую себя великолепно, – говорил он. – Сижу, работаю и твердо знаю, что меня ни в коем случае не могут арестовать… Согласитесь, что в границах царской России это довольно необычное ощущение…»
В книге самого героя режим тюремного заключения в период следствия описан следующим образом: «Начался второй тюремный цикл. Я переносил его гораздо легче, чем первый, да и условия были несравненно благоприятнее, чем за восемь лет до того. Режим в тюрьме, ввиду первой Думы, был либеральный, камеры днем не запирались, прогулки были общие. Мы по часам с упоением играли в чехарду. Приговоренные к смерти прыгали и подставляли свои спины вместе с другими. Жена приходила ко мне дважды в неделю на свидание. Дежурные помощники смотрели сквозь пальцы, как мы обменивались письмами и рукописями. Один из них, уже пожилой, особенно благоволил к нам. Я подарил ему, по его просьбе, свою книгу и свою карточку с надписью. Я встретился с ним при советской власти и сделал для него, что мог, в те голодные годы».