Московские ратные люди и казаки теперь ежегодно появлялись на Дону и Днепре. В 1559 году брат правителя государства Алексея Адашева Данила возглавил морской поход в Крым. Его отряд на судах вышел из устья Днепра и, миновав Кинбурнскую косу, подошел к Перекопу. Несколько недель русская флотилия ходила у берегов Крыма, наводя страх на татар и производя нападения на прибрежные улусы. Адашев освободил из плена много русских невольников и с большой добычей благополучно вернулся в казачью «засеку» на Монастырский остров. Тем временем запорожцы рассеяли крымцев на Айдаре близ Азова.
Успехи русского оружия благоприятствовали формированию казачьих общин в бассейне Дона, Волги и Яика. Совместные боевые действия упрочили братство русских казаков с запорожцами и «черкасами» — украинскими казаками.
Ливонская война круто изменила внешнеполитический курс Российского государства. Начав борьбу за выход в Балтийское море, Россия вскоре оказалась в состоянии войны с Польско-Литовским государством.
Польский король Сигизмунд II Август заключил договор о протекторате с Ливонским орденом и предпринял попытку изгнать русских из занятых ими ливонских замков.
Королевские дипломаты старались поднять на Москву крымцев. Тогда Иван IV снарядил в Поднепровье Вишневецкого, поручив ему «делать недружбу царю Крымскому и королю Литовскому». Вместе с Вишневецким на Днепр отправились 300 ратных людей князя, 400 украинских казаков и 150 казаков «прибору» московского атамана Водопьяна.
Служба московского царя давно тяготила Вишневецкого. Его колебаниям пришел конец, когда к нему явились двое его братьев. Воевода попытался силой увести с собой в Литву каневских казаков, перешедших прежде других на московскую службу. Но атаманы Савва Балыкчей Черников, Ивашка Пирог Подолянин, Ивашка Бровка и другие отказались повиноваться ясновельможному пану и вернулись в Москву.
Недолго прожил Вишневецкий после отъезда из Москвы. Год спустя он попал в руки к туркам и был подвергнут мучительной казни.
Ввязавшись в войну с польским королем, Иван IV в 1563 году занял одну из его сильнейших пограничных крепостей Полоцк. Как и в дни Казанской войны, московское командование призвало под знамена многих станичников. В штурме Полоцка участвовало до шести тысяч служилых и вольных казаков. Ни в одной военной кампании казачьи отряды не были столь многочисленны, как в полоцком походе.
Война в Ливонии оставила след в истории казацких окраин. Прикованные к западным границам, отряды государевых ратных людей перестали появляться у Перекопа и под Азовом. Царское правительство не помышляло более о том, чтобы «свести» казаков с их рек.