Ко времени, о котором наше повествование, Россия переживала необыкновенно сильную и уникальную по своему размаху религиозную борьбу. Есть все основания считать, что и сам Иоанн во многом склонялся к «еретикам». Доподлинно известно, что его невестка Елена придерживалась этой веры и в ней же воспитывала сына Дмитрия. Своим примером и контрастом с окружающими она оказала огромное влияние и на своего супруга, наследника престола Иоанна Младого. Но тому не суждено было как–то проявить себя, потому что в 1490 году он слегка приболел, был «залечен» докторами Софьи и в страшных мучениях скончался. В том же году состоялся первый Собор, осудивший еретиков и предавший их проклятию. Но реформационное движение все ширилось, размывая почву под официальной Церковью. Осудившие еретиков церковники ожидали спустя два года после указанного выше Собора конца мира. И когда этого конца, как и предсказывали «еретики», не последовало, движение обрело еще большие масштабы.
И здесь мы встречаемся с тем феноменом, который повторится позднее во времена раскола. Казалось бы, неудержимое народное религиозное движение приостановлено церковной и государственной властями (и это несмотря на то, что значительная часть как церковников, так и политиков в обоих случаях были не на стороне господствующей Церкви). Объясняется этот факт феноменом почти неограниченной царской власти, в особенности же начиная именно со времени Иоанна III. Если учитывать, какое влияние имела Софья на своего супруга, то становится понятным, почему его отношение к облагодетельствованным им некогда «еретикам» резко меняется. Софья было заинтересована в подавлении «еретиков», т.к. ставила своей целью воцарение по смерти Иоанна своего сына Василия, в то время как оппозиционные ей «еретики» хотели бы видеть на троне Дмитрия. В 1497 году Василий составляет открытый заговор против отца и восстает на него, пытаясь захватить власть. Но его попытка оканчивается неудачей. Уже по тому, что его оставляют в живых, можно судить о влиянии Софьи на супруга. В 1498 году Иоанн Васильевич венчает своего внука Дмитрия на царство. Это было самое первое венчание наследников русских царей (до этого великие князья просто составляли завещания.) Казалось, истории России суждено теперь пойти по новому руслу, руслу реформации и просвещения. Но уроки Виссариона не прошли для Софьи даром. Путем подкупов, заговоров, клеветы ей удается отвратить сердце Иоанна от внука (1502 г.), а вместе с этим наложить опалу на всех «еретиков». В том же 1502 году наследником престола был объявлен Василий, а Дмитрий и его мать Елена заключены в темницу, где они по смерти Иоанна и умерли (или были умерщвлены, что в сущности уже не имеет большого значения).