Кастанеда утверждает, что его имя не подлинное. По его словам, он родился в "хорошо известной" семье, которую он так и не назвал, в Сан Паоло (Бразилия) в канун Рождества 1935 года. Его отцу, позже ставшему профессором филологии, в то время было семнадцать лет, а матери — пятнадцать. По причине их незрелого возраста маленького Карлоса отправили к дедушке с бабушкой на животноводческую ферму, которая находилась в глухой бразильской провинции.
Затем Кастанеда рассказал о шестилетнем Карлосе в то время, когда родители наконец взяли свое единственное дитя и принялись всячески угождать ему, так как испытывали сильное чувство вины. "Это был дьявольски трудный год, — бесстрастно сообщил Кастанеда. — Ведь я фактически жил с двумя детыми." Через год его мать умерла от пневмонии, во всяком случае, по мнению врачей. Но Кастанеда считает, что причина смерти — безволие и недостаток движения, одна из распространенных культурных болезней Запада. О матери Кастанеда вспоминает и другое: "Она всегда была в мрачном и подавленном настроении, но необыкновенно красива. Я отчаянно хотел ей помочь, предложить какую-нибудь иную жизнь, но разве она послушала бы меня, шестилетнего ребенка?"
Карлос остался с одним отцом, о котором он почти ничего не рассказывает, а в своих книгах вспоминает со смешанным чувством — любви, жалости и даже презрения. Слабоволие отца он противопоставляет «безупречности» своего "духовного отца", дона Хуана. Кастанеда рассказывал о желании своего отца стать писателем так, что вся эта история о нерешительности и слабоволии родителя почти напоминает фарс. И добавил: "В этом я похож на своего отца. До встречи с доном Хуаном я целые годы просидел, затачивая карандаши и мучаясь головной болью, стоило мне захотеть что-то написать. Дон Хуан объяснил мне, как это глупо. Если хочешь что-то сделать, делай это безупречно. Весь смысл в этом."
Карлоса отправили учиться в хорошую школу в Буэнос-Айрес. Она называлась "Николас Авеланеда". Говорит, что оставался в ней до 15 лет, учил испанский (уже владея португальским и итальянским), который ему позднее пригодился для бесед с доном Хуаном. Однако в те годы Карлос стал настолько невыносим, что его дядя, старейший член семьи, решил отправить племянника в Лос-Анджелес на попечительство одной семьи. Таким образом в 1951 году он попал в США, где через два года поступил в Голливудский колледж, затем пытался учиться живописи в Миланской Академии изящных искусств, но усомнился в том, что станет большим художником. Будучи в подавленном состоянии, вернулся в Лос-Анджелес, где поступил на факультет социальной психологии Калифорнийского университета. Позже перешел на факультет антропологии. Об этом он рассказывает так: "Тогда я по-настоящему понял, что жизнь не удалась. И сказал себе: если уж делать что-то, так совершенно новое." В 1959 году решил переменить имя и стал называться Кастанедой.