Известие о сделанном Саутуолой открытии попало в местную печать. Вскоре и мадридские газеты заговорили о находке росписей, принадлежащих доисторическим людям. Жители Сантандера и ближайших окрестностей были взволнованы открытием своего земляка. Альтамира стала местом туристского паломничества. Даже сам король Испании Альфонс XII побывал в пещере, оставив свой «автограф» на стене подземного зала, сделанный копотью от факела.
И тут наконец в дело вступила «артиллерия крупного калибра» — о находке заговорили крупнейшие ученые мужи того времени. «Дерзкая» брошюрка Саутуолы вызвала их единогласное возмущение. Во всем научном мире поднялась буря гнева и негодования. Саутуолу обвиняли в подлоге и в фальсификации находки. Более миролюбивые говорили, что он сам, скорее всего, стал жертвой обмана: было высказано подозрение, что автором рисунков мог быть один французский художник, друг Саутуолы, гостивший у него в момент открытия.
В это нелегкое время рядом с Саутуолой оказался лишь один человек — профессор геологии Мадридского университета Вилланова. Побывав вместе с Саутуолой в Альтамире, он обнаружил новые росписи, куски явно «несовременной» засохшей краски, и даже раковину, служившую когда-то палитрой первобытному художнику. В заложенных в пещере контрольных шурфах Вилланова обнаружил кости ископаемых животных, в том числе и пещерного медведя.
Ученый полностью поддержал выводы Саутуолы Но его голос был одинок в мощном хоре противников великого открытия. «Древность» и «каменный век» даже для многих людей науки были в те годы еще понятиями совершенно неопределенными. Большинство ученых находилось под влиянием в высшей степени сомнительных дарвиновских теорий Для них было невозможным поверить в то, что человек каменного века обладал столь развитым искусством, свидетельствующим о высокой художественной культуре и талантливости первобытных людей. Тогда, в середине XIX века, не знали искусства старше древнеегипетского или кельтского, поэтому предполагалось, что любые предшествующие формы, которые еще могут быть открыты, неизбежно будут более примитивными. Никому и в голову не могло прийти, что уже 20 тысяч лет назад в Европе существовало искусство, достойное восхищения. А между тем росписи Альтамиры ясно доказывали, что творческий гений человека не зависит от технического уровня цивилизации и что он был присущ уже охотникам на мамонтов. Иными словами, для существования высокоразвитой культуры вовсе не требуется высокоразвитая цивилизация, и проблема первичности духа и материи однозначно решается в пользу духа.