Мангазея внесла весомый вклад в историю русских географических открытий. Само ее существование связано с зарождением и развитием северного морского судоходства. Отсюда уходили отряды промышленников-первопроходцев для обследования новых земель на Таймыре, в низовьях Енисея. Выходцами из Мангазеи была открыта Якутия и составлена первая карта реки Лены.
«Златокипящий» город просуществовал всего одно столетие. В 1672 году Мангазея была оставлена жителями. Причин для этого было много. В первую очередь на судьбе города отразилось общее изменение путей колонизации Сибири. Кроме того, местные пушные промыслы оскудели, захирел «морской ход» из Поморья. Все это сделало экономически невыгодным содержание большого заполярного города. В это же время на реке Таз и на Нижней Тунгуске одно за другим начали вспыхивать восстания самодийских племен. Восставшие не раз подступали к стенам города. 65 стрельцов, составлявших постоянный гарнизон Мангазеи, были не в состоянии справиться с повстанцами. Не сумели сделать этого и присланные из Тобольска новые воинские отряды. Тогда было принять решение о переводе стрелецкого гарнизона в Туруханское зимовье и о постройке там Новой Мангазеи. Старая Мангазея прекратила свое существование, навсегда войдя в историю освоения бескрайних пространств Сибири. Однако с годами облик реальной Мангазеи все более и более стирался, уступая место всевозможным гипотезам, домыслам и легендам.
Короткая и яркая судьба этого таинственного заполярного города на протяжении многих лет волновала исследователей. Но сохранившиеся письменные источники по истории Мангазеи, неполные и разрозненные, не могли ответить на встающие перед учеными вопросы. Каков, например, был характер этого поселения? Предполагалось, что Мангазея была большой укрепленной факторией, служившей средоточием промыслового люда, шедшего на промыслы, и одной из главных задач местных властей являлся сбор пошлины с торговых людей и промысловиков. Известный исследователь Сибири СВ. Бахрушин писал, что «постоянного населения в городе не было, но из года в год в начале осени сюда прибывали морем караваны кочей,[18] и безлюдный в обычное время город оживлялся. Под бревенчатыми стенами маленького острожка возникал промышленный поселок… Посад жил своеобразной жизнью: он существовал для приезда с Руси торговых и промышленных людей, оживал осенью…» В другой своей работе СВ. Бахрушин утверждал, что «Мангазейский город — безлюдный острожек, закинутый в глубь «студеной тундры», почти под самый полярный круг, среди воинственных племен «кровавой самояди» и других «немирных иноземцев», отрезанный от Руси и даже от прочей Сибири бурями Мангазейского моря». Таким образом, Мангазею считали большой торгово-промысловой факторией, маленьким острожком — словом, всем чем угодно, только не городом.