К югу от стен кремля тянулись постройки посада с церквями Макария Желтоводского и Успения Богоматери, часовней Василия Мангазейского, большим комплексом Гостиного двора с таможенной избой. Десятки входивших в его состав амбаров занимали около трети всей торговой части города. Двух- и трехэтажные постройки Гостиного двора с часовой и смотровой башнями высоко поднимались над кровлями жилых изб. К числу важнейших построек посада относились двухэтажный дом таможенного головы, съезжая изба, питейный и зерновой дворы, торговая откупная баня. Главные улицы были замощены деревянными плахами. От пристани к Гостиному двору вела лестница. Позади него размещалась основная часть посада с ремесленными мастерскими.
Мангазея являлась крупным ремесленным центром, в котором были представлены почти все ремесленные специальности, характерные для большого города — сапожники, косторезы, литейщики. Всего на мангазейском посаде, по подсчетам специалистов, могло постоянно проживать до 700–800 человек. Кроме того, в пик сезона сюда съезжались многие сотни торговых и промышленных людей. Именно для них и было еще в начале XVII века (точная дата неизвестна) построено здание Гостиного двора. В 1631 году во время воеводской смуты оно было разрушено, и в 1644 году жители Мангазеи послали царю Михаилу Федоровичу челобитную о строительстве на собственные средства здания нового гостиного двора.
Гостиный двор являлся экономическим сердцем города. Его поиски начались уже в первый сезон раскопок Мангазеи и увенчались полным успехом. Собранные здесь материалы открыли многие важные страницы жизни и быта заполярного торгово-промышленного города.
При раскопках было обнаружено огромное количество деревянных футляров для печатей на многочисленные грамоты. Печати выдавались в приказной избе, и право их выдачи от имени царя имел только воевода. Каждый промышленник и торговец, уплативший пошлину в таможне, приобретал печать, без которой его проезжая грамота считалась недействительной. Сами печати изготовлялись из сургуча и воска. Хранились они в специальных деревянных футлярах, которые выглядят как цилиндры, расколотые пополам. Внутри обеих половинок имеются выемки, куда вкладывалась печать, а по краям цилиндра шла круговая канавка, предназначенная для закрепления футляра бечевкой. Эта бечевка проходила по центру печати и выходила из отверстий по краям цилиндра. Количество таких футляров, найденных в Мангазее, исчисляется тысячами, что свидетельствует о большом количестве приезжающего в город торгово-промышленного люда и о размахе городской торговли. Был найден даже целый деревянный футляр с сохранившейся внутри восковой печатью со шнурками.