Воинственный характер Скалигера проявлялся и в его научных занятиях. Он спорил с Эразмом Роттердамским, утверждавшим, что итальянские филологи, называющие себя «цицеронианцами», обращают христианскую Европу в язычество, а также ввязался в полемику с Ф. Рабле и другими гуманистами. Среди его полемических трудов выделяются Упражнения (Exercitationes, 1557), где он спорит с итальянским учёным Дж. Кардано. Подвергнув критическому анализу научные и философские взгляды Кардано, Скалигер написал учебник, который использовался в школах всё время, пока господствовала Аристотелева физика. Скалигер также внёс вклад в развитие биологии и ботаники и ещё до К. Линнея (1707–1778) указал на необходимость точной классификации растений и животных.
Помимо множества стихов издал первую латинскую грамматику, основанную на научных принципах: «О латинском языке» (De causis linguae Latinae, 1540). Главный труд его жизни — трактат «Поэтика» (Poetica, опубл. 1561), где была окончательно разработана ренессансная система жанров. Идеи Скалигера легли в основу нормативной эстетики классицизма и сохранялись в европейской критике вплоть до эпохи романтизма. Умер Скалигер в Ажене 21 октября 1558.
Скалигер, Иосиф Юст (Жозеф Жюст) (Scaliger, Joseph Justus, 1540–1609), — французский филолог-гуманист, издатель и комментатор античных текстов. Родился 5 августа 1540 в Ажене. Получив под руководством отца блестящее классическое образование, впоследствии самостоятельно изучил тринадцать языков, включая древнееврейский и арабский. Его издания Избранного (Catalecta) Вергилия (1575), текстов Катулла, Тибулла и Проперция (1577) заложили основы критического изучения источников. Впервые текстология и восстановление первоначального текста взамен догадок стали опираться на рационально разработанную методику.
Ещё большее значение для науки имели его работы Исправление хронологии (De emendatione temporum, 1583) и Сокровище времён (Thesaurus temporum, 1606), ставшие краеугольным камнем научной хронологии. Скалигер первым показал, что древняя история не начинается и не кончается греками и римлянами и что для построения сколько-нибудь убедительной хронологической системы необходимо использовать летосчисление таких народов, как персы, вавилоняне и египтяне. Гугенот с 1562, Скалигер после Варфоломеевской ночи бежал из Франции и поселился в Голландии, где занимал должность профессора Лейденского университета. Среди наиболее известных его учеников — Г. Гроций и А. Гейнзиус. Подвергался нападкам иезуитов. Умер Скалигер в Лейдене 21 января 1609.