1655. — в Успенском соборе публично разбивает отобранные у бояр иконы франкского письма. Церковный Собор принимает новый служебник, закреплявший исправления в обряде по греческому образцу, который рассылается по всем церквям. Собор об освящении воды только в сочельник праздника Богоявления — по старым греческим образцам. (Собор 1667 года отменил это решение). Протопоп Неронов, главный противник патриарха Никона, бежит из заточения, принимает постриг в Москве и селится в Игнатиевой пустыни.
В 1655 году Никон приказал написать портреты патриархов Московских, считая себя седьмым, и перечислив своих предшественников так: Иов, Герман, Герасим, Филарет, Иосаф и Иосиф (см., например, И. Е. Забелин, стр. 512). В этом списке неизвестный по другим источникам Герман (не Гермоген!) стоит на месте Игнатия, которого в списке вообще нет, а Гермоген назван Герасимом, что показывает: канонического перечня патриархов до Никона не было, а история Смуты ещё и при нём не сочинена!
1656, 24 февраля. — в Успенском соборе патриарх Антиохийский Макарий, патриарх Сербский Гавриил и митрополит Никейский Григорий предают анафеме всех, крестящихся двумя перстами. Собор одобряет переведённую с греческого и изданную Никоном книгу «Скрижаль», подтверждает проклятие на последователей двоеперстия.
В том же году преставился в заточении епископ Коломенский Павел, последний из епископов, придерживавшийся, вопреки реформам Никона, богослужебной традиции Стоглава. Прошёл Собор о перекрещивании католиков, и вышел Указ о запрещении повторного крещения католиков. Заочное обсуждение и проклятие на Соборе Григория Неронова и его единомышленников.
В 1656 году реформы Никона одобрили не только иерархи Восточной церкви, но даже папа Римский. Это был его апофеоз, в это время не только церковь, но и царь подчинялись ему беспрекословно: всего лишь в 1652 году Алексей Михайлович просил его стать новым патриархом, в 1653-м титуловал Патриархом Всея Великия и Малыя Руси ещё до подписания союза с Богданом Хмельницким, а в 1654, после взятия московскими войсками в союзе с тем же Хмельницким г. Вильны — Патриархом всея Великия, Малыя и Белыя Руси!
1657. — Примирение патриарха Никона со старцем Григорием Нероновым и покаяние последнего. Никон основывает Воскресенский (Новоиерусалимский) монастырь в подмосковной Истре. Собор об открытии новых епархий и исправлении Требника.
Никон был человеком бескомпромиссным и прямолинейным. Как личный друг царя, ставший патриархом при его содействии, он стал претендовать на государственную власть, демонстративно подчёркивая превосходство духовной власти над светской, — вопреки объективно противоположному процессу. Во время отсутствия Алексея Михайловича он занимал его место. В приговорах Боярской думы появилась формулировка: «светлейший патриарх указал, и бояре приговорили». Можно сказать, он потерял политическое чутьё, а затем и доверие Алексея Михайловича. Начался закат его карьеры.