1658. — После конфликта с царём Никон слагает с себя патриаршество и удаляется в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь. Начало междупатриаршества; местоблюстителем патриаршего престола ставится Крутицкий митрополит Питирим. Учреждение Вятской и Великопермской епископий. Решение чёрного Собора Соловецкого монастыря о неприятии новопечатных исправленных книг.
1660. — Собор, созванный царём Алексеем Михайловичем по делу патриарха Никона, постановляет признать его самовольно оставившим престол, и приступить к избранию нового патриарха. Однако исполнено это решение не было.
1662. — Во время литургии в Воскресенском монастыре Никон проклинает Крутицкого митрополита Питирима, местоблюстителя патриаршего престола. Царь Алексей Михайлович издаёт указ созвать Собор с участием Вселенских патриархов по делу Никона.
1663. — Никон пишет книгу «Возражения» в ответ на выдвигающиеся против него обвинения. Приговор старцев Соловецкого монастыря о неприятии новых книг и обрядов.
Итак, в 1660 году Никон де-факто ушёл с поста патриарха, надеясь на будущее возвращение победителем. Однако светская власть отодвинула его навсегда: с 1660 и до 1667 года Алексей Михайлович уже сам решал все церковные вопросы. А потом он руками других «греческих иерархов» типа Паисия Лигарида вообще убрал переоценившего своё значение патриарха: церковный собор 1666 года вынес приговор о его низложении и ссылке простым монахом в северный Ферапонтов монастырь. Правда, тогда же было объявлено проклятие всем противникам реформы, и отлучены от церкви протопоп Аввакум, дьякон Фёдор и поп Никита за отказ признать исправления в книгах и обряде; затем их заточили в Николо-Угрешский монастырь.
Царь Алексей Михайлович надеялся, что реформа не только поможет в международных делах, но и уменьшит роль Церкви, как ограничителя на пути проводимой модернизации страны. А патриарх, возможно, так и не понял, что произошло. Государству требовались перемены во взаимоотношениях с Церковью, чтобы она не только Божью проповедь вела, но была бы инструментов влияния государства на народ. То есть, царю нужна была послушная Церковь. Но чтобы сделать её такой, надо было раскачать то стабильное положение, которое Церковь занимала раньше. Вот это и было задачей Никона, для этого он и получил чрезвычайные полномочия. Но он возомнил себя чуть ли не выше царя, и пришлось укорачивать его амбиции с одновременной ликвидацией старой Церкви.
И при Никоне, и позже реформа проводилась с элитарных позиций, сбрасывала со счётов мнение народа. Никониане ставку делали на «внешнюю мудрость», представляя суть полемики как конфликт между знанием и невежеством. Представители же старой традиции не могли с этим согласится. Протопоп Аввакум очень красочно характеризовал своих противников, сторонников церковных нововведений: