Выход в 1947 году сборника стихотворений «Из похода» (З походу) помог ему стать членом Союза писателей Украины. В 1947-50 гг. работал в редакциях газеты «Радянський селянин», редактором поэзии издательства «Радянський письменник», ответственным редактором журнала «Дніпро», секретарем партийного комитета Союза писателей Украины, членом Киевского горкома КПУ. Автора величественной поэмы о Сталине «Слово о полководце» (1949) вскоре постепенно оттеснили от руководящих постов из-за его мягкого несогласия с критикой «космополитов» и травли еврейских писателей. Последующие события, связанные с развенчанием культа Сталина, привели его к подробному изучению «Капитала» Карла Маркса и осознания ошибочности его теории. Свое видение проблемы Николай Руденко выложил на страницах философских трудов «Экономические монологи» (Економічні монологи, 1975), «Не заглядывая в святцы» (не опубликован) и «Энергия прогресса» (Енергія прогресу, опубл. в 1998). А в 1976 году выходит его поэма «Крест» (Хрест), рассказывающая о голоде 1933 года.
К 1972 году у Николая Руденко, наконец, наладилась личная жизнь, да и в творчестве, вроде бы, наметился прогресс: «Как писатель я тогда был на подъеме: в пяти издательствах должны были выйти из печати мои книги. В литературной жизни это бывает очень редко, но так тогда у меня сложилось. Роман «Орловая балка» был принят в «Вітчизні» и уже готовился в печать; новая редакция «Ветра у лицо» была доведена до сигнального экземпляра в издательстве «Дніпро», я даже получил гонорар; в «Радуге» была завершена работа над книжечкой стихов для детей; в переводе на русский «Советский писатель» подготовил томик моих стихов, он уже был послан в типографию. Мне даже удалось переступить границы СССР: в Болгарии должен был выйти из печати «Волшебный бумеранг», перевод уже был готов и принят».
В то же самое время, в начале 1970-х он включается в работу по защите прав человека, поддерживал отношения с московскими диссидентами, являлся членом советского отделения «Международной амнистии». В 1974 году за критику марксизма Руденко исключают из рядов КПСС, а через год – из Союза писателей Украины. Писатель был вынужден продать машину, дачу, а работать смог устроиться только ночным сторожем. 18 апреля 1975 года его арестовывают за правозащитную деятельность, но вследствие амнистии к 30-летию Победы, освобождают еще из-под следствия.
Но в конце 1976 году, после оглашения им вместе с Олесем Бердником и Оксаной Мешко создания Украинской Хельсинской группы (УХГ), он становится помехой тогдашней власти и 5 февраля 1977 года в Киеве его арестовывают второй раз. Летом того же года он был осужден за «антисоветскую агитацию и пропаганду» на семь лет лагерей строгого режима и пяти годам высылки. Дело Николая Руденко вмещалось, ни много ни мало, в пятьдесят(!) томов. Естественно, что вскоре специальным распоряжением Главлита УССР из библиотек и торговли были изъяты все произведения Николая Руденко. Писатель отбывал наказание в лагерях Мордовии, Пермской области, Горно-Алтайской автономной области. В 1981-м за активную деятельность в Украинской Хельсинской группе и акций в защиту своего мужа, арестовывают и жену писателя – Раису Руденко. В декабре 1987 года под давлением общественности супруги были освобождены, после чего эмигрировали сначала в Германию, затем в США. Николай Руденко работал на радиостанциях «Свобода» и «Голос Америки», возглавлял зарубежное представительство УХГ. За границей он написал ряд произведений: «Сын Солнца – Фаэтон» (Син Сонця – Фаетон), роман-трактат «Формула Солнца» (Формула Сонця), «Орловая балка» (Орлова балка), «Внутри дракона» (У череві дракона).