Правильно понимая происходящее, многие депутаты на протяжении всех прошедших лет оценивали, как крайне неэффективную, и даже вредную для России, работу самого президента Ельцина. Ещё до финансового обвала, в апреле 1998 года депутаты Л. Рохлин и В. Илюхин начали сбор подписей под инициативным письмом об отрешении Б. Ельцина от власти в соответствии с конституционными нормами. В итоге письмо подписали 177 депутатов; в нём кратко формулировались основные обвинения против Ельцина, и ставился вопрос о создании специальной парламентской комиссии, которая должна была бы оценить правильность соблюдения процедурных порядков и фактической обоснованности обвинений, выдвигавшихся против президента Российской Федерации. И 19 июня 1998 года на пленарном заседании Государственной думы такая комиссия была образована.
В августе, после дефолта, по предложению группы депутатов-аграриев Дума приняла постановление, которым рекомендовала президенту России Б. Ельцину добровольно подать в отставку. «За» проголосовали 245 депутатов, «против» — 32, остальные, — вот они каковы, наши депутаты! — проигнорировали голосование. Ельцин, разумеется, в отставку не подал.
Через полгода, 13 мая 1999 года газета «Коммерсантъ» опубликовала доклад комиссии и текст заключения, подготовленного к этому докладу Федеральной службой безопасности от имени правительства. Правда, не ясно, почему это было поручено ФСБ, а не, например, Министерству юстиции?.. Кстати, во главе ФСБ в это время стоял В. Путин, который через год, сам став президентом, издал указ о неподсудности бывшего президента Ельцина.
Первым пунктом обвинений было участие Б. Ельцина в Беловежских «посиделках», которые привели к уничтожению СССР, хотя Всесоюзный референдум 17 марта 1991 года показал желание народа сохранить СССР. Основное возражение ФСБ на это состояло в том, что комиссия, оценивая деяния президента России, ссылалась на Уголовный кодекс РСФСР, в то время как он утратил свою силу с 1 января 1997 года. В итоге ФСБ дала такое заключение:
«Ошибочное применение комиссией норм уголовного и другого законодательства вызывает сомнения в её выводах, что может повлечь, в свою очередь, нарушение прав человека по отношению к Президенту Российской Федерации».
По поводу же Всесоюзного референдума и его результатов было заявлено, что они не являются источником права.
Вторым пунктом обвинений фигурировал расстрел парламента в октябре 1993 года. По этому пункту ФСБ отметила, что Верховный Совет работал неудовлетворительно в 1992–1993 годах. Именно поэтому Ельцин вынужден был издать Указ № 1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации», который и стал детонатором событий сентября-октября 1993 года. Всю ответственность за насилие и кровопролитие в Москве ФСБ признала за Верховным Советом и его бывшими руководителями (Р. Хасбулатов и А. Руцкой). Президент же действовал в состоянии крайней необходимости, чтобы предотвратить массовые беспорядки, погромы, разрушения, поджоги и другие антиобщественные действия.