По третьему пункту — обвинения президента в событиях в Чеченской республике в 1990-е годы — ФСБ признала, что на территории Чечни к 1994 году сложилось опасное положение, и единственным действенным правовым инструментом для обеспечения законности, правопорядка и общественной безопасности на территории Чеченской республики, которым располагал в то время президент Российской Федерации, являлся институт крайней необходимости.
В четвёртом пункте обвинений в адрес Б. Ельцина говорилось о сознательном ослаблении обороноспособности страны. Правда комиссия отмечала, что она не нашла в действиях Б. Ельцина намерения оказать помощь иностранному государству, и не сочла возможным выдвинуть против него обвинение в государственной измене, но признала, что он виновен в злоупотреблении должностными полномочиями, совершил тяжкие преступления.
Это обвинение ФСБ практически не рассматривала по существу.
Пятым, заключительным пунктом обвинений был «геноцид российского народа». Из-за обвального падения жизненного уровня россиян, разрушения системы медицинского обслуживания, безработицы, началось вымирание населения. Более 32 миллионов человек живут в России ниже уровня, называемого «прожиточным минимумом». Задолженность по выплате ежемесячного пособия на детей выросла за время президентства Б. Ельцина до 25 млрд. рублей. Задолженность по пенсиям выросла до 30 млрд. рублей. К концу 1998 года безработица в России, если её рассчитывать по методике Международной организации труда, составила около 8,6 миллиона человек, или почти 12 % экономически активного населения.
По данным Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности, в 1997 году, по сравнению с 1991-м, произошло снижение потребления мяса на 55 %, молока — на 41 %, яиц — на 31 %, рыбы — в 2,2 раза. Выросло потребление только картофеля да печёного хлеба. По данным Министерства здравоохранения РФ, число заболевших на каждые 100 тысяч населения с 1992 по 1997 год росло следующим образом: сифилис — с 13,4 случаев до 277, туберкулез — с 39 до 74, злокачественные новообразования — с 271 до 294, наркомания — с 3 до 28, психические расстройства — с 274 до 348, СПИД — с 0,05 до 2,7. Это сопровождалось сокращением числа медицинских учреждений и коек в них.
Президент Б. Ельцин обвинялся в том, что своим Указом от 14 августа 1992 года «О введении в действие системы приватизационных чеков в Российской Федерации» нарушил действовавший в то время «Закон об именных приватизационных счетах и вкладах в РСФСР», а, как известно, Конституция устанавливает верховенство закона над президентским указом. Замена системы именных приватизационных счетов анонимными ваучерами привела к многочисленным финансовым аферам и злоупотреблениям, скоропалительной концентрации богатства в руках кучки дельцов.