Такая позиция резко контрастировала с политикой предыдущих политиков, боявшихся решительных мер; она нравилась народу. Однако целый месяц тяжёлых боёв в горах, хоть и привёл к определённому перевесу федеральных сил, начавших вытеснять боевиков с территории Дагестана, «притушил» народные восторги: затяжная война никак не могла бы быть популярной. Но 9 сентября в 5 часов утра был взорван жилой дом в Москве на улице Гурьянова. Через четыре дня на Каширском шоссе был взорван ещё один жилой дом; погибли 118 человек. Вскоре взрывы раздались в Волгодонске, Буйнакске, Каспийске. Это переменило настроение в стране по отношению и к Чечне, и к решительным действиям нового премьера. Появились сообщения социологов о стремительном росте рейтинга В. Путина.
Позже опальный олигарх Березовский намекал, что всё это происходило не без его участия, что это он — автор многих сценариев, приведших к раздуванию авторитета ничем не примечательного человека, ординарного ФСБ-шного полковника. А некоторые журналисты прямо говорили, что взрывы в Москве организовали сами сотрудники ФСБ. Мы очень сомневаемся, что это так. Но…
Путин возглавил Федеральную службу безопасности летом 1998 года, уйдя туда с должности заместителя начальника администрации президента, и сменив в должности директора ФСБ Н. Ковалёва. Позже с Ковалёвым разговривал известный политический обозреватель Леонид Млечин. Вот что он поведал в своей книге:
«Бывший директор ФСБ Николай Ковалёв рассказывал мне, что спецслужбы получали информацию о происходящем в Чечне и докладывали её руководству страны.
— Но почему в таком случае Федеральная служба безопасности не смогла предупредить проникновение боевиков в Дагестан и последовавшие затем взрывы в Москве и других городах? — спросил я.
— Я разработал систему предупреждения террористических актов, — ответил Ковалёв. — Этим занималось управление по разработке преступных организаций. И нам удалось предотвратить несколько акций, которые привели бы к массовой гибели людей. К сожалению, после моего ухода это управление было упразднено, а с ним разрушилась и система получения информации от готовящихся терактах.
— А как именно вы узнавали, что готовится та или иная вылазка боевиков?
— Это достаточно специфическая тема. В двух словах скажу, что у боевиков существует известная нам технология подготовки такого рода акций. Знание определённых деталей позволяло нам понять, что именно назревает…
Но летом 1998 года Ковалёва сменил Владимир Путин. Новый директор ФСБ распустил управление по разработке преступных организаций».