Затем Иван при поддержке ближайшего «круга» — Избранной рады, провёл судебную и налоговую реформы. В ходе военной реформы были запрещены местнические споры бояр в войсках, создано постоянное наёмное стрелецкое войско. Возросла роль дворянства: стараниями царя дворянская конница становилась важнейшей частью армии; во власти появлялись новые люди. Перестроив управление и армию, смогли решить важную внешнеполитическую задачу — ликвидировать Казанское ханство, целиком зависящее от враждебного Москве Крыма, в свою очередь, подвластного Турции, и овладеть Волжским путем, необходимым для экономического развития и свободного выхода в Среднюю Азию, Сибирь, на Кавказ. Также добились выхода на западные рынки через посредство англичан.
Расширение государства потребовало коренной реформы местного управления, поскольку присоединились земли, населённые самобытными народами. Такая реформа и была проведена в 1555–1556 годах. Вместо «кормлений» наместников и волостелей ввели самоуправление на местах; страна теперь делилась на уезды, которые состояли из города и сельских общин, соединённых в волости и станы (пригородные волости). В городах и волостях из «лутших» посадских людей и черносошных крестьян выбирали на один-два года земских старост. Они вели раскладку податей и повинностей, контролировали меры и весы, клеймили лошадей, проводили мирские выборы. Коллегия земских старост вела суд по мелким гражданским и уголовным делам.
Следующий уровень самоуправления представляли губные старосты. Духовенство, дворянство и крестьяне выбирали в городе и уезде из высшего дворянства двух губных старост, которые вели следствие и суд по особо опасным делам, могли выносить смертные приговоры. Они подчинялись созданному ещё в 1539 году Разбойному приказу (ныне МВД). В помощь им выбирались из лучших посадских и крестьян губные целовальники (присяжные заседатели), дьячки (секретари) и полицейские чины (сотские, пятидесятские, десятские). Помещичьих и боярских крестьян судили сами помещики и бояре, за исключением убийств и грабежей.
Завершена была реорганизация управления тем, что оно стало строиться не по территориальному, а по ведомственному признаку. Самыми важными стали приказы Посольский, Разрядный, Разбойный, Большой приход (сбор налогов).
Усиление государства позволило поставить вопрос о борьбе за выход к Балтике, дорогу к которой закрывал Ливонский орден. Ещё по перемирию 1503 года орден обязан был возобновить ежегодную выплату России дани за город Юрьев (Дерпт), существовавшую с давних времён, но за полвека не прислал дань ни разу. Россия считалась слабой, и с ней не церемонились. Но Иван уже чувствовал, что время слабости прошло, и требовал своего. В 1557 году на переговорах делегация ордена просила отсрочить платежи; Иван отказался и сделал это поводом к войне. Вторым поводом к войне была задержка орденом 123 специалистов, приглашённых Иваном из Западной Европы.