Первые издания, 1809 и 1811 гг., не имели деления на отдельные книги, что объяснялось прежде всего небольшим количеством басен, в них входивших (всего по 20 с небольшим). Но уже в издании 1815 г. басни были разделены на три части, а в 1816 г. как дополнение к ним вышли части четвертая и пятая. В дальнейшем каждое последующее издание выходило с дополнением очередной новой части, в которой помещались преимущественно басни, написанные за время, прошедшее после выхода предыдущего издания. Иногда в эти дополнительные «книги» входили и «забытые» Крыловым басни, как, например, басня «Водопад и Ручей», впервые напечатанная в 1817 г. в «Трудах общества любителей российской словесности», но включенная в VIII книгу басен лишь в 1830 г. Наряду с дополнениями Крылов почти в каждом издании производил перестановку отдельных басен пли передвижку их из одной книги в другую.
Этим еще в большей мере утверждается обязательность и продуманность того порядка, который был установлен баснописцем в издании 1843 г., явившемся, несомненно, итоговым и окончательным как в отношении текста, так и расположения басен. В частности можно отметить тенденцию Крылова ставить в начале каждой книги наиболее известные или наиболее программные басни (такие, как, например, «Ворона и Лисица», «Квартет», «Демьянова уха»).
В дальнейшем, после смерти Крылова, его басни были переизданы П. А. Плетневым в «Полном собрании сочиненна Крылова» в 1847 г. Это издание, как и все прочие многочисленные издания басен, выходившие на протяжении XIX в., в основном повторило порядок и текст издания 1843 г. Первым опытом пересмотра издания 1843 г. явилось издание басен под редакцией В. Кеневича(СПБ. 1875 г.), расположившего басни в хронологическом порядке. Однако установить сколько-нибудь точный хронологический порядок оказалось невозможным, поскольку время написания большей части басен может быть определено лишь в пределах нескольких лет. Кроме того, В. Кеневич во многих случаях основывал датировку басен на времени их появления в печати, что привело к многочисленным фактическим ошибкам, отмеченным в свое время В. В. Каллашем в его работе «О хронологии басен Крылова» (Известия ОРЯС, Акад. наук, 1907 г., т. XII, кн. 1, стр. 205–218). Но даже и при более уточненной датировке басен было бы неправильным располагать их в хронологическом порядке, явно нарушающем авторскую волю и идейно-художественную композицию книги. Несмотря на множество изданий Крылова, выходивших во второй половине XIX в., научная проверка и пересмотр текста басен проделаны были лишь в Полном собрании сочинений Крылова под редакцией В.В. Каллаша (изд. т-ва «Просвещение», т. IV, СПБ. 1905 г.). Редактор проверил текст издания 1843 г. и исправил несколько явных опечаток и недосмотров. В примечаниях им были даны основные варианты по автографам и прижизненным изданиям, в которых учтен ряд разночтений, не приведенных В. Кеневичем. При всей научной добросовестности и полноте, издание В. В. Каллаша все же не свободно от ряда недочетов. Так, например, текст басни «Рыбья пляска» дается им по печатной редакции, появившейся в результате переработки, несомненно вызванной давлением властей. Помимо этого, в издании повторен ряд незамеченных и неисправленных дефектов издания 1843 г. За последние годы было осуществлено новое издание басен в однотомнике сочинений Крылова (Гослитиздат, Л. 1931 г.) и в серии «Библиотеки поэта» («Полное собрание стихотворений», тт. I–II, «Советский писатель», Л. 1935 г.), в основном повторяющее текст Полного собрания сочинений под редакцией В. Каллаша. Главное отличие их — помещение рукописной, а не подцензурной редакции басни «Рыбья пляска». Однако и в этих изданиях не только сохранены недосмотры издания Каллаша, но и внесен ряд новых пропусков и опечаток.