Согласно гипотезе А. А. Шахматова, Нестор, перерабатывая Начальный свод, углубил и расширил историографическую основу русского летописания: история славян и Руси стала рассматриваться на фоне всемирной истории, было определено место славян среди других народов, возводивших своих прародителей к потомкам легендарного Ноя. Таким образом, русская история вводилась в рамки традиционной христианской историографии.
Именно этой историографической концепции была подчинена композиция ПВЛ. Рассказу Начального свода об основании Киева Нестор предпослал обширное историко-географическое введение, повествуя о пронсхождении и древнейшей истории славянских племен, определяя границы исконно славянских земель и территорий, ими освоенных. Нестор внес в летопись извлечения из Сказания о начале славянской письменности, чтобы лишний раз подчеркнуть древность и авторитетность славянской культуры.
Описывая обычаи различных племен, обитающих на Руси, или народов дальних стран, сведения о которых Нестор приводит по переводу византийской Хроники Георгия Амартола, летописец подчеркивает мудрость и высокую нравственность полян, на земле которых находится Киев. Нестор укрепляет предложенную еще Никоном историографическую концепцию, согласно которой великие князья киевские ведут свой род от <призванного> новгородцами варяжского князя Рюрика. Переходя к изложению событий Х — XI веков, Нестор в основном следует тексту Начального свода, но дополняет его новыми материалами: он вводит в ПВЛ тексты договоров Руси с Византией, пополняет рассказы о первых русских князьях новыми подробностями, почерпнутыми из народных исторических преданий: например, повествованием о том, как Ольга хитростью овладела столицей древлян Искоростенем, как юноша-кожемяка одолел печенежского богатыря, а старец спас осажденный печенегами Белгород от неминуемой капитуляции. Нестору принадлежит и заключительная часть ПВЛ (после окончания текста Начального свода), однако, как полагают, эта часть могла быть переработана в последующих редакциях ПВЛ. Именно под пером Нестора ПВЛ становится выдающимся памятником древнерусской историографии и литературы.
О редакциях ПВЛ и их соотношениях существуют различные суждения. По гипотезе А. А. Шахматова, первая редакция ПВЛ (Нестора) была создана в Киево-Печерском монастыре в 1110–1112 годах. После смерти покровительствовавшего монастырю князя Святополка составление летописи было передано в Выдубицкий Михайловский монастырь, где в 1116 году игумен Сильвестр перерабатывает заключительные статьи ПВЛ, положительно оценивая деятельность Владимира Мономаха, ставшего в 1113 году великим князем киевским. В 1118 году по поручению новгородского князя Мстислава Владимировича составляется третья редакция ПВЛ.