И вот теперь Хайдеггер добился возбуждения нового расследования, чтобы иметь основания для увольнения Штаудингера. Гестапо собрало необходимые документы и 6 февраля 1934 года представило их Хайдеггеру, который должен был составить по ним свой отзыв. Ректор систематизировал обвинения: Штаудингер подозревался в том, что выдавал враждебной державе секреты германского химического производства; он просил предоставить ему швейцарское гражданство «в период тяжелейших бедствий отечества» – и в итоге получил это гражданство, не испросив согласия у немецкой стороны; наконец, он публично заявлял, что «никогда не будет поддерживать свое отечество с оружием в руках или выполняя иные должностные обязанности». Обвинения были достаточно серьезными. Хайдеггер написал, что, по его мнению, «речь может идти скорее об увольнении, нежели о [добровольном] уходе на пенсию». Принять «решительные меры» тем более необходимо, что Штаудингер «сегодня выдает себя за 110-процентного сторонника национального возрождения».
Как и в случае с Баумгартеном, Хайдеггер руководствовался прежде всего стремлением разоблачить так называемых оппортунистов. На этот раз он проявил особое рвение, поскольку ему не нравилась идея прагматического союза между государством и специальными науками. Он считал, что «преобразование всего немецкого бытия» обречено на провал, если «не имеющие корней» специальные науки вновь вьщвинутся на передний план из-за своей сиюминутной политической полезности. Такова была подоплека кампании, которую он развернул против Штаудингера; последний же, со своей стороны, прилагал все усилия, чтобы показать, насколько важны его исследования для дела национального возрождения. В ту самую неделю, когда он подвергался мучительным допросам, Штаудингер опубликовал статью, в которой подчеркивал значение химии для стремящейся к автаркии новой Германии и выражал «огромную радость» в связи с «началом национальной революции». Поскольку высокопоставленные партийные функционеры вмешались в дело и вступились за Штаудингера, он не был уволен. Хайдеггер также пошел на попятный и 5 марта 1934 года рекомендовал – «учитывая тот высокий престиж, каким упомянутое лицо пользуется, как представитель своей науки, за границей», – заменить увольнение отправкой на пенсию. Однако и это предложение не прошло. Штаудингер, в результате сложных переговоров, все-таки остался на своей должности.
Эта история имела продолжение. Когда Хайдеггер в 1938 году выступил с докладом «Основание новоевропейской картины мира метафизикой», в котором критиковал техницизм современной науки, партийная газета «Дер Алеманне» опубликовала статью, где Хайдеггер как пример бесполезности (философ, «не понимаемый никем и преподающий… Ничто») противопоставлялся представителям специальных наук, занимающимся действительно «жизненно важной» работой. Что под этим подразумевалось, ясно показывало объявление, помещенное непосредственно под статьей: оно содержало информацию о докладе профессора Штаудингера на тему «Четырехлетний план и химия».