В XIV веке начинается новая застройка Шахи-Зинда, особенно интенсивно строительство осуществлялось при Тимуре и его внуке Улугбеке. В настоящее время комплекс сооружений Шахи-Зинда тянется вдоль узкого коридора, который образует три группы мавзолеев — верхний, средний и нижний.
Древнейшим сооружением является гробница Кусама ибн-Аббаса, которая не раз подвергалась ремонтам и переделкам, и потому от ее первоначальной архитектуры осталось не очень много. Представление о прежнем облике мавзолея дает описание его арабским путешественником-географом Ибн-Батутой, посетившим Самарканд в 1330-е годы.
«Могила благословенна; над ней возведено четырехугольное здание с куполом; у каждого угла стоят по две мраморные колонны, мрамор зеленого, черного, белого и красного цвета. Стены здания также выстроены из разноцветного мрамора с золотыми орнаментами; крыша сделана из свинца. Гробница покрыта черным деревом, украшенным драгоценными камнями; углы ее обиты серебром.»
Надгробие в ту пору было иным, чем сейчас, и увидеть его можно было лишь через специальное оконце. Внутри мазара сохранились остатки настенной росписи геометрического орнамента (чередование звезд и крестовин), выполненного белым, синим и золотым. На полу стояло ступенчатое надгробие, обычно укрытое погребальными покрывалами. Во второй половине XIV века оно было облицовано прекрасными изразцами.
В небольшой подсобной комнате имеется спуск в поминальную мечеть и чилля-хану — камеру для 40-дневного поста. Поминальная мечеть была отстроена уже в XV веке, и потому ее архитектура отличается от зодчества века предшествующего. Продолговатая в плане мечеть имеет 3-купольное перекрытие, интерьер ее свободный и легкий, в основании стен проходит панель из ярко-голубых шашек, местами оживляемая мозаичными медальонами.
Гробница Кусама ибн-Аббаса окружена другими мавзолеями. Здесь им тесно, ведь каждый владелец хотел, чтобы его гробница стояла как можно ближе к мазару святого. Больше других повезло мавзолеям Туман-ака (жены Тимура), Хаджи Ахмада — крупного религиозного деятеля и безымянной усыпальнице знатной «девушки, умершей в целомудрии» в 1360 году. Больше о ней ничего не известно…
Мавзолеи как гробницы святых или особо почитаемых лиц всегда привлекали к себе паломников. Поэтому впоследствии стали возникать вспомогательные помещения, которые пристраивались к усыпальницам, и со временем их становилось все больше. В сооружении мемориальных комплексов наметились два направления: для первого характерно объединение различных и разновременных построек, а для второго главным было возведение мавзолея со всеми необходимыми помещениями.