При великом князе Иване III на Соборной площади Кремля возводятся новые величественные сооружения — великокняжеский дворец, Успенский и Благовещенский соборы, колокольня Ивана Великого, поэтому скромная великокняжеская усыпальница уже не устраивала московских царей. В 1505 году храм времен Ивана Калиты был разобран, и на его месте итальянский мастер Алевиз Новый возвел Архангельский собор, завершивший ансамбль Соборной площади. После перестройки собора останки великих и удельных князей были торжественно перенесены во вновь возведенный храм.
Первая гробница от западных ворот к северной стене — царя Василия Ивановича Шуйского. Возведенный на престол после низложения Лжедмитрия, он, однако, не сумел приобрести расположения народа, к тому же в его царствование появился второй самозванец. Князь М.В. Скопин-Шуйский разбил войско Лжедмитрия II, и народ готовился к торжественной встрече его из похода. Однако во время торжеств пришла весть, что прославленный герой внезапно скончался, это всех сильно поразило и возбудило подозрения. Народ взбунтовался, и во время бунта царь В.И. Шуйский был свергнут с престола, насильно пострижен в монахи и отвезен в Польшу, где через несколько месяцев скончался.
Рядом с надгробием царя В.И. Шуйского расположены три так называемые «неизвестные» гробницы. Они стоят без надписи, нет даже преданий о том, кто в них погребен, поэтому в разное время их приписывали разным лицам, в основном основываясь на предположениях. Одни считали, что в двух из них покоятся братья В.И. Шуйского, а в третьей — князь В.В. Голицын, тоже умерший в польском плену. Прах последнего 23 года покоился в Варшаве, а в 1635 году по желанию царя Михаила Федоровича был перевезен в Москву. Однако многие исследователи считают, что прах князя В.В. Голицына и братьев царя В.И. Шуйского никак не мог быть погребен в Архангельском соборе — священной усыпальнице русских царей. Если гробница М.В. Скопина-Шуйского, находящаяся, впрочем, в приделе церкви Иоанна Предтечи, и указывает на подобное отступление, то надо все-таки помнить, что он был племянником царя В.И. Шуйского и погребен еще при жизни этого государя.
В летописях значатся имена великих князей, похороненных в Архангельском соборе, но гробниц этих князей в соборе нет. Ученые предполагают, что, может быть, они и похоронены в «безымянных» гробницах. Это могли быть тверской князь Дмитрий Михайлович, убитый в Орде, и Иван Иванович Малой — брат Дмитрия Донского. Последнее подтверждается и изображением на стене его ангела — святого Иоанна Богослова. В третьей гробнице, почти достоверно можно сказать, похоронен великий князь Андрей Иванович Старицкий, о чем сказано на надгробном камне, найденном при реставрации собора в 1835 году: «Въ лето 7045–1537 декабря въ 11 день преставися благоверный князь Андрей Ивановичъ Старицкш», сын Ивана III. Великий князь был человеком слабохарактерным и блестящих свойств не имел никаких, поэтому при дворе пользовался лишь внешними знаками достоинства и уважения. Однако он решился на бунт, за что был заключен в «тесную палату», где и умер через 6 месяцев.