Вскоре Стефан ушел в Москву — в Богоявленский монастырь, и Варфоломей остался один. Жил он скромно и достойно: бортничал, ловил рыбу, питался кореньями и орехами… По окрестностям растекалась молва об отшельнике и святости его жизни, и начали сюда приходить люди, желавшие спасения, — просили пристанища и селились рядом. Сообща поставили церквушку во имя Пресвятой Троицы, которую освятил митрополит всея Руси Феогност, со временем перебрались из землянок в добротные срубы, и вскоре вокруг церкви образовался небольшой монастырь. И кельи свои, и монастырь братья обнесли оградой, а потом избрали преподобного Сергия Радонежского себе начальником.
Дальнейшее развитие этой обители связано с активной деятельностью предприимчивого и энергичного игумена Никона — преемника преподобного Сергия, скончавшегося в 1392 году. В августе 1408 года полчища татарской конницы под водительством хана Едигея подошли к Москве и окружили город, рассчитывая взять его долгой блокадой. Месяц стояли вражеские войска под Москвой, грабя окрестные села. Был разграблен и Троицкий монастырь, однако в это время в самой Орде обострились раздоры, и Едигей, взяв с москвичей «откуп» в 3000 рублей, поспешил назад.
Когда Троицкие монахи возвратились в свою обитель, они увидели на ее месте только пепел от пожарища. С помощью великого московского князя игумен Никон отстраивает монастырь вновь, во всем следуя его прежней планировке. На месте старой церкви, где был похоронен преподобный Сергий, возводится новая — тоже деревянная, но больших размеров. В 1422 году преподобный Сергий был причислен к лику святых, его официально объявляют покровителем и заступником земли Русской, и в связи с этим над гробом его начинается возведение белокаменного Троицкого собора Поставленный «в похвалу» вьщающихся заслуг Сергия Радонежского перед Отечеством и церковью, Троицкий собор стал, таким образом, одним из первых мемориальных памятников Московской Руси.
В это же время были обретены мощи преподобного, причем обретение их сопровождалось многими чудесами и исцелением недужных и больных людей. Мощи преподобного Сергия покоятся у южной стены Троицкого собора, близ иконостаса, и по сей день источают благодать и исцеление всем, кто приходит к ним с верой. Мощи почивают в богатейшей серебряной позолоченной раке, сооруженной царем Иваном Грозным. Стенки прямоугольной (по размеру гроба) раки покрыты тонким рельефным орнаментом, на фоне которых четко выделяются накладные фигурные клейма с замысловатой вязью текстов из «Жития Сергия». Одновременно был сделан и великолепный золотой оклад на надгробную икону Сергия в рост, служившую крышкой гроба.