Неподалеку от Успенского собора, против северо-западного угла его, покоятся бренные останки царя Бориса Годунова, его кроткой супруги Марии, невинного сына — царя Федора и дочери Ксении (в иночестве Ольги).
5 апреля 1605 года Борис Годунов, встав от обеда, поднялся на высокий дворцовый терем, с которого часто обозревал Москву. Но вдруг поспешно сошел оттуда и стал жаловаться на колотье и тошноту. Приближенные бросились за врачами и духовенством, а между тем царю становилось все хуже: из носа и ушей у него пошла кровь, он начал терять сознание… Едва успели причастить Бориса Годунова Святых Тайн и наскоро совершить пострижение в схиму с именем Боголепа, как он испустил дух, оставив семью и престол в роковые минуты.
На следующий день Бориса Годунова погребли в Архангельском соборе Кремля — усыпальнице московских государей, однако злоба людская преследовала царя и за гробом. Не признавая при жизни его прав на престол, бояре и мертвому не хотели дать ему места среди погребений властителей Московского государства. Через шесть недель, когда сын его Феодор был свергнут с престола и убит вместе с матерью, из Архангельского собора вынесли гроб с останками Бориса Годунова и зарыли с телами жены и сына на «убогом доме» Варсонофьевского монастыря. Но и здесь их прах не нашел вечного упокоения. Воцарившийся царь Василий Шуйский в сентябре 1606 года приказал перевезти останки Годуновых в Троице-Сергиев монастырь и похоронить на паперти против северо-западного угла Успенского собора. В 1781 году паперть собора была уничтожена, а над гробницами Бориса Годунова, его супруги, их сына Федора и дочери Ксении был устроен низкий каменный шатер.
Церковь во имя Сошествия Святого Духа в присутствии кроткой и добродетельной супруги Анастасии была заложена собственными руками Ивана Грозного после завоевания им большей части Ливонии. При этой церкви, в особой палатке, покоится прах невинного страдальца, инока Максима Грека — мужа незабвенного в российской церковной истории.
Церковь над мощами преподобного Михея построена в память явления Пресвятой Богородицы со святыми апостолами Петром и Иоанном Богословом преподобному Сергию. Этого видения удостоился и преподобный Михей — ученик преподобного Сергия Радонежского. Храм был сооружен по повелению императрицы Анны Иоанновны в 1734 году. В 1781 году он был заново украшен старанием митрополита Московского Платона.
В 1744 году Троице-Сергиев монастырь приобрел статус лавры (от греч. laura). Так назывались лишь некоторые мужские православные монастыри. В России они подчинялись непосредственно патриарху, с 1721 года — Синоду. (На территории Российской империи имелись еще Киево-Печерская, Александро-Невская, Почаевско-Успенская лавры.)