Всё это «дух войны» переносил с мрачным терпением, так как прах Тимуридов покоился не прямо под каменными надгробиями: они лишь повторяли контуры могил, расположенных ниже. Но дошла очередь и до них. Как указывалось выше, летом 1941 года в Самарканде работала научная археологическая экспедиция, которая и вскрыла гробницу Тимура — 18 июня…
Древних захоронений на территории Новодевичьего монастыря не сохранилось, за исключением нескольких закладных плит XVIII века. Единственная дошедшая до нашего времени могила принадлежит первой игуменье монастыря Елене Девочкиной. Расположена она у апсиды северного придела Смоленского собора, на закладной доске видна надпись:
«В лето 1524 г. Князь великий Василий Иванович воздвиже сию пречистую обитель, в ней же храм Пречистой Богородицы Смоленские и собра инокинь девического чину множество, им же бысть начальница благоверная и благочинная сия схимонахиня Елена Семеновна дочь, зовомая Девочкина и в сей обители преставися с миром в лето 1548…»
Елена Девочкина в старинных письменных святцах причислена к московским святым, рядом с ней впоследствии были погребены ее преемница схимонахиня Домникея и послушница Феофания. Перед их гробницей — каменная плита, вделанная в алтарную стену.
Со временем в монастыре стали хоронить представителей феодальной знати и лиц духовного звания, а позднее и лиц других сословий. В Отечественную войну 1812 года французы, оставляя Москву, готовились взорвать Новодевичий монастырь. Поставлены были бочонки с порохом, к которым уже и фитили были подведены. Уходя из монастыря, французы зажгли фитили, и обители грозило полное разрушение. Оставались какие-то секунды, но мужественная казначея Сарра с несколькими послушницами залили водой и фитили, которые уже подбирались к пороху, и загоревшийся в некоторых кельях пол. В память спасения обители от разрушения в трапезной Успенской церкви был устроен особый придел и учрежден благодарственный ежегодный крестный ход. Близ Успенского собора находится и могила казначеи Сарры Николаевны, скончавшейся на 75-м году жизни в марте 1840 года.
Из захоронений XIX века на территории монастыря сохранились могилы участников Отечественной войны 1812 года, декабристов, ученых, литераторов, государственных и военных деятелей. Среди одиннадцати участников войны с Наполеоном, могилы которых сохранились до нашего времени, Денис Давыдов — один из самых известных героев. Поэт — создатель романтической гусарской лирики, он был также автором военно-исторических и теоретических трудов («Опыт теории партизанского действия», «Тильзит в 1807 году»), политических басен («Голова и ноги» и др.). В 1957 году на его могиле был установлен бронзовый бюст, выполненный скульптором Е. Рудаковым. И установлен он позади сохранившегося постамента старого надгробия, завершавшегося первоначально крестом с распятием.