В храме есть особой придел — Oratorium, из которого и идет ход в склеп, где в саркофагах покоится прах Великих магистров и старших кавалеров Ордена. Склеп располагается пол алтарем собора: спустившись в него и пройдя в подземный коридор, вы увидите нишу, в которую поставлена гробница Л а Валлетта, окруженная гробами храбрых рыцарей, вместе с ним сражавшихся за веру Христову. Много в соборе Святого Иоанна и монументов, воздвигнутых в память других Великих магистров и храбрых кавалеров с описанием всех их заслуг перед Орденом.
Пол самого собора Святого Иоанна, вымощенный цветными мраморными плитками, привлекает особое внимание путешественников. Он представляет собой великолепную мозаику, которая изображает надгробные надписи на тех самых местах, под которыми погребены великие магистры и старшие кавалеры Ордена. Если подняться на балкон и взглянуть вниз, то покажется, будто они, прижавшись плечом к плечу, сомкнулись в едином строю. На одной из надгробных плит сделана надпись: „Сегодня вы ступаете по мне, завтра так же будут ступать и по вам“.
ГРОБНИЦЫ ИВАНА ГРОЗНОГО И ЕГО СЫНОВЕЙ
В 1963–1965 годы в Архангельском соборе Кремля производилось вскрытие гробниц царя Ивана Грозного и его сыновей — Федора и Ивана. Сам Иван Грозный еще при жизни завещал похоронить себя в дьяконнике алтаря — святыне собора, видимо, желая подчеркнуть свою особую роль первого русского царя-самодержца. Сверху гробницы Ивана Грозного находится сделанный в начале XX века медный кожух с чехлом и именем, под ним — кирпичное надгробие, под ним — вырубленный из цельного известняка саркофаг, полукруглый в изголовье и несколько расширяющийся соответственно положению плеч покойного. Саркофаг закрыт белокаменной плитой, на которой красивой вязью XVII века сделана надпись — имя погребенного и даты его жизни и смерти. Рядом — саркофаги его ранее похороненного сына Ивана и сына Федора. Это были последние представители рода Ивана Калиты, правившие Русской землей в течение 300 лет. Дом Калиты гордился своей родословной, которую они выводили от легендарного Рюрика; в 1598 году со смертью царя Федора Иоанновича род этот прервался…
Многие события из жизни Ивана IV, состояние его здоровья в последние годы и причина смерти до сих пор неясны, хотя написано об этом очень много. Историки в свое время даже спорили о дате смерти грозного царя, так как летописи довольно скудно говорят о том, что царь умер 19 марта 1584 года. А Псковская летопись называет датой его смерти 18 марта. Прежде последнюю дату считали ошибочной, но на надгробной плите саркофага указан именно день 18 марта: Иван Грозный умер к вечеру, и весть о его кончине распространилась только на другой день.