Император Александр I благоволил рогожским промышленникам и передал во владение общины большие земельные наделы, но вот царствование императора Николая I тяжело сказалось на старообрядцах обоего толка. С их молитвенных часовен были сняты кресты, запрещен всякий ремонт, а указом 1827 года император запретил принимать беглых попов, и вскоре в Рогожской общине на 100 000 верующих осталось всего три священника. Одно время даже запрещалось отмечать старообрядцев наградами и записывать их в купеческое сословие. В 1830-х годах некогда процветавшая Рогожская община была приравнена к простому богадельному дому.
В 1855 году новый император Александр II повелел опечатать алтари рогожских храмов, а вскоре правительство и церковь, чтобы ослабить влияние старообрядцев, открыли в Рогожской и Преображенской слободах единоверческие храмы. При сохранении внешних староверческих обрядов в храмах стали служить священники, подчинявшиеся епархиальному начальству. От таких притеснений сильно пострадала Федосеевская община Преображенского кладбища, рогожцам же в который уже раз удалось сохранить свои обычаи.
В августе 1854 года группа рогожских старообрядцев подала прошение на имя московского митрополита Филарета о принятии их в лоно апостольской церкви и о преобразовании Никольской часовни в единоверческий храм. По благословению Святейшего синода 23 сентября того же года было совершено освящение часовни. В 1866 году по инициативе и на средства купца Никандра Матвеевича Аласина к старой деревянной церкви архитектор Н В. Карнеев пристроил каменное здание наподобие колокольни высотой около трех и шириной около двух метров с иконой Спасителя, беседующего с самаритянкой.
Возрождение старообрядчества, особенно Рогожской общины, началось с указа о свободе вероисповедания, подписанного императором Николаем II в апреле 1905 года. Освобожденное от более чем 200-летних преследований старообрядчество сразу же стало делать колоссальные успехи. В 1912–1913 годы, в память распечатывания алтарей своих храмов, старообрядцы под руководством архитектора Ф. Горностаева приступили к возведению громадного храма-колокольни, который строился в стилизованных формах древнерусской архитектуры.
На старообрядческих кладбищах не встретишь, как на большинстве других, рельефных саркофагов, классических надгробий, скульптур и медальонов. В конце XIX — начале XX века здесь господствовала основная форма надгробия — восьмиконечный деревянный крест-голубец, зачастую с двускатным покрытием. Более богатые могли себе позволить каменные восьмиконечные кресты или массивные полированные саркофаги из черного камня, без украшений.