Имея приказ Уральского комитета о расстреле царской семьи, Я. Юровский получил и предупреждение от русской церкви, что за расправу с царственными узниками его самого ждет смерть. И он решился, видимо, на неполное выполнение приказа: расстрелял царскую семью, но под видом поваренка дал возможность скрыться царевичу Алексею…
Работой государственной комиссии многие ученые остались не удовлетворены. Например, доктор юридических наук М.Н. Кузнецов подчеркивал, что в ее работе не было видно стремления установить истину, наоборот, комиссия как будто любой ценой стремилась доказать, что найденные под Екатеринбургом останки принадлежат членам царской семьи, и полностью игнорировала другие версии убийства и сокрытия тел. Некоторые ученые утверждают, что найденные на Коптяковской дороге останки не принадлежат членам семьи Николая II, не имеют вообще никакого отношения к Романовым и что в этом месте была захоронена совсем другая семья. К тому же первые эксперты как-то вдруг были отстранены от исследований, и центр проведения судебно-медицинской идентификации царских останков незаметно стал перемещаться из России в научно-исследовательские учреждения Америки и Англии. Неудивительно, что у многих возникает закономерный вопрос: «А не было ли при этом утрат и подмены останков?» Поэтому трудно поверить в официальную версию о том, что найденные под Екатеринбургом останки действительно принадлежат членам царской семьи и некоторым другим лицам, разделившим вместе с ними заключение в Ипатьевском доме.[81] Недаром Русская православная церковь заявила, что факт принадлежности найденных останков царской семье не доказан. Несмотря на мощное давление со стороны власти, Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и все без исключения иерархи отказались от участия в их погребении. Пришлось обращаться к священникам, находящимся вне юрисдикции Русской православной церкви. Но даже и этот священник не стал поминать на панихиде имена членов царской семьи, а похоронил останки как безымянные, пропев: «А имена их, Господи, Ты Сам веси»…
Когда В.И. Ленин скончался (21 января 1924 года), была создана Специальная комиссия под председательством Ф.Э. Дзержинского, и члену этой комиссии — В.Д. Бонч-Бруевичу была поручена организация похорон. Сам В.И. Ленин никаких записей или устных распоряжений на этот счет не оставил, и никто не слышал о его завещании относительно своего захоронения. У тогдашнего руководства страны и мыслей не было о длительном бальзамировании тела В.И. Ленина. Достоверно известно, что после доставки тела покойного из Горок в Кремль патологоанатом академик А.И. Абрикосов провел обычное вскрытие, установил причину смерти и выполнил необходимый объем работ по минимальному бальзамированию, пока тело будет находиться в Колонном зале Дома союзов для церемонии прощания. 25 января ЦИК СССР принял постановление, в котором говорилось: