В июле 1979 года Г. Рябов (сын чекиста, профессиональный следователь и автор сериалов о советской милиции) и геолог А. Авдонин взялись «обнаружить» точное место екатеринбургского могильника, в чем им помогла записка Юровского, неожиданно «появившаяся» сразу в нескольких архивах. Причем они не просто обнаружили захоронение, но и извлекли из него три черепа, которые потом снова закопали.[80] Тогда и поползли слухи, что один из черепов принадлежит Николаю II, но большого распространения эти слухи тогда не получили.
После незаконного вскрытия могильника остается лишь надеяться, что извлеченные тогда черепа (а может быть, и кости) были действительно снова положены туда. Однако никто тогда ничего не описывал, и никаких принятых в таких случаях актов не составлялось. Новый интерес к «царскому делу» снова возник в конце 1980-х годов, и в июле 1991 года было проведено «официальное» вскрытие захоронения с участием большой группы исследователей, бойцов регионального отряда МВД и представителей местной власти. Священника почему-то не пригласили, и получилось так, что сам факт обретения предполагаемых останков членов царской семьи превратился в простую информацию из раздела криминальной хроники. В тот день шел нескончаемый дождь, но хорошей погоды дожидаться не стали. Археологи-изыскатели поставили над могильником армейскую палатку, и добрая дюжина человек в тесноте втаптывала в мокрую глину человеческие останки. Кроме того, могильник был нарушен: останки, согласно газетным сообщениям, были захоронены в два яруса, и когда извлекали верхний — нижний затаптывали, поэтому была утрачена всякая возможность установить прижизненность тех или иных повреждений.
Для изучения вопросов, связанных с исследованием и захоронением останков последнего русского императора и членов его семьи, была создана государственная комиссия. Но лишь 23 июля первым экспертам Института судебной медицины была предоставлена возможность познакомиться с содержимым 12 больших армейских ящиков, в которых находились бесформенные конгломераты человеческих костей, вплавленные в отвердевшую глину. Из них потом было составлено не менее 8 скелетов вместо ожидаемых одиннадцати. Останков царевича Алексея и одной из царевен обнаружено не было, и снова поползли слухи об их возможном спасении.
За 12 дней до расстрела царской семьи внутренняя охрана Ипатьевского дома была полностью заменена не говорившими по-русски латышскими стрелками во главе с Я. Юровским. Его появление вселило в царственных узников страх, хотя держался он с ними холодно и корректно. 14 июля 1918года, когда уже принято было решение о расстреле, приходящая прислуга обратила внимание, что Я. Юровский долго сидел у постели цесаревича и расспрашивал его о здоровье. Через два дня чекисту попался на глаза поваренок Седнев, бывший ровесником цесаревича, — племянник царского повара, к этому времени уже посаженного в тюрьму. Я. Юровский резко сказал ему: «Беги сейчас к своему дяде в тюрьму!» — и мальчика с его сундучком отвели в батальон охраны, где он долго и сильно кричал.