Научное преподавание в лицее было поставлено весьма слабо. По количеству преподаваемых предметов программа была широка и разностороння. В нее входили кроме закона Божия, русского языка, математики, физики, истории и географии, еще: нравственная философия и логика, римское право, русское гражданское и уголовное право, государственное хозяйство, начала химии, естественная история, технология, военные науки, языки: латинский, греческий, французский и немецкий, рисование, музыка, пение, танцы, фехтование. Из одного этого перечня предметов, которые ученики должны были усвоить себе в течение семи лет, видно, что об основательном прохождении курса не могло быть и речи. К этому надобно прибавить, что большинство преподавателей не удовлетворяли самым скромным педагогическим требованиям. Классный журнал, в котором записывались проступки учеников, поражает своей безграмотностью; учитель русской словесности Никольский не признавал поэтов после Державина и Хераскова: Пушкина он глубоко презирал, хотя никогда не читал. Один из учеников представил ему под видом собственного сочинения отрывок из «Евгения Онегина», и он не заподозрил обмана. Школьная дисциплина, даже просто порядок очень слабо поддерживались в заведении. Директор лицея И. С. Орлай, вообще человек мягкий, склонный смотреть сквозь пальцы на недостатки своих воспитанников, особенно снисходительно относился к Гоголю, с родителями которого был соседом по имению и познакомился в доме Трощинского.
Так, Гоголь часто во время урока выходил из класса и спокойно прогуливался по коридорам. Завидя издали директора, который очень не любил подобные проступки, он не прятался, как другие воспитанники, а употреблял иного рода уловку. Он прямо подходит к И. С. Орлаю и говорит ему: «Ваше превосходительство! я сейчас получил от матушки письмо. Она поручила засвидетельствовать вашему превосходительству усерднейший поклон и донести, что по вашему имению все идет очень хорошо». — «Душевно благодарю, — отвечал обыкновенно директор, — будете писать матушке, не забудьте поклониться ей от меня и поблагодарить ее».
Гоголь мог беспрепятственно лениться и действительно ленился, не обращая внимания на такие мелкие неприятности, как плохая отметка в журнале, наказание без обеда или без чая, стояние в углу за дурно отвеченный урок. Способности у него были хорошие; наскоро проглядев предыдущую лекцию, он почти всегда мог довольно удовлетворительно передать ее, а засев за книги в последний месяц перед экзаменом, успевал приготовиться настолько, что беспрепятственно переходил в следующий класс. Из всех предметов преподавания одним только рисованием Гоголь занимался усердно. Он охотно слушал теоретические рассуждения об искусстве своего учителя Павлова, человека, преданного делу, и сам много рисовал и карандашом, и красками.