В начале XII века в спор за венгерскую корону вновь вмешался германский император — Генрих V. В 1108 году он осадил Братиславу, но замок оказал ему сильное сопротивление и устоял, хотя сражения за него в продолжение всего века велись не раз. Но чаше всего Братиславе удавалось выстоять, так как в замке всегда стоял надежный и сильный гарнизон, отчаянно защищавшийся. На протяжении всего XII века оборонительным сооружением служило укрепление из земли и дерева, возведенное еще в IX веке. Конечно, оно постоянно перестраивалось и обновлялось и в качестве фортификации служило вплоть до XV века.
В 1241 году Словакия пострадала от опустошительного набега татар, но Братиславский замок им захватить не удалось. Однако вслед за татарами в Западную Словакию последовали нашествия австрийского герцога Фридриха II, продолжавшиеся и после смерти последнего представителя Бабенбергов, когда в 1246 году между чешским и венгерским королями начались споры из-за австрийского наследства. Под давлением этих событий венгерский король Бела IV начал укреплять обороноспособность своей страны.
Военные события показали, что во время осад и сражений устоять удавалось лишь мощным каменным замкам, поэтому при возведении новых оборонительных сооружений полагались уже на новый тип крепостной архитектуры — жилую башню. На руинах старых дворцов на Братиславском холме построили башню, фундамент которой заложили глубоко в земле. Квадратная в плане (со сторонами 22 метра), эта постройка своими размерами выделялась среди подобных ей в Западной Европе: по периметру она имела 12 опорных столбов.
Вход в башню Братиславского замка вел через специальную пристройку, в которой была лестница, соединявшая ее этажи. В низком первом этаже установили небольшую цистерну, вода в которую поступала с крыши башни, поэтому защитники могли выдержать длительную осаду. Верхние этажи башни, по всей вероятности, были жилыми. Через несколько лет на замковом холме построили вторую башню, которая защищала первую с той стороны, откуда удобнее всего было вести атаку. Вторая башня была 4-этажной, имела подземелье, а наверху — галерею с зубчатой стеной.
Во время правления Анжуйской династии (1308–1382) значение Братиславского замка несколько упало, хотя в его истории и продолжались бурные периоды. Не один раз его осаждали и захватывали, а после падения Анжуйской династии король отдал весь Братиславский комитат в залог. Жупаном стал Смил из Кунштата, который разместил в замке моравский гарнизон.
На рубеже XIV–XV веков Братиславский замок уже не отвечал требованиям своего времени ни как крепость, ни как жилище. Поэтому его заново стали укреплять, а позднее возвели и новый дворец. На северо-западной и северной сторонах была возведена большая стена, новые укрепления усилили двумя выступающими полукруглыми бастионами. Один из них остался без имени, а другой (северо-восточный) благодаря своему выгодному положению с видом на обширный край назвали Лугинсландом.