После реконструкции изменился и фасад дворца. Различные по форме и величине готические окна заменили новыми — со строгим каменным обрамлением, скупо декорированным символами ордена Золотого Руна. Первоначальный парадный вход в готический дворец был закрыт, вместо него на несколько метров восточнее сделали новый и защитили его выступающим фортификационным сооружением с мощной круглой башней.
В конце XVI века обновленный и оборудованный в соответствии со всеми достижениями своего времени замок в пожизненное пользование получил палатин Микулаш Пальфи, но дворец радовал его недолго. В начале XVII века он сильно пострадал от стихийных бедствий и внутренних войн, и обновление дворца потребовало много сил, времени и больших средств. Одновременно для М. Пальфи в саду, на месте бывших виноградников, строился новый дворец. Работу на обоих объектах поручили одним и тем же итальянским мастерам и ремесленникам.
Над крыльями старого дворца надстроили четвертый этаж, на всех углах появились стройные башни. Здание приобрело вид замка-усадьбы эпохи позднего Ренессанса — с центральным двором, с двух сторон окаймленным аркадами. Заново были украшены и внутренние залы, особенно богато отделывались жилые помещения императора на первом этаже. Сюжетами фресковой живописи стали сцены из жизни императора Фердинанда и его супруги Элеоноры; декоративное убранство было дополнено эмблемами различных добродетелей и нравоучительными надписями.
Император бывал в Братиславе редко, а семейство Пальфи предпочитало просторный дворец, убранство которого не нуждалось в постоянном уходе. Зато модернизация укреплений постоянно требовала больших расходов. Последние большие переделки в замковом комплексе Братиславы были предприняты во время правления императрицы Марии-Терезии. Мрачная крепость должна была превратиться в роскошную резиденцию в стиле рококо, где должен был поселиться наместник — зять императрицы. План перестройки поручили разработать придворному архитектору Ж.Н. Жадоте, однако из задуманного им проекта осуществлено было немного. Не были построены ни монументальная эллиптическая капелла, ни двухосевой перистиль дворца, не была возведена и новая парадная лестница в западном крыле.
Однако при Марии-Терезии в Братиславском замке заложили декоративные сады по образцу садов во французских замках. На склоне холма, расположенного к северу от дворца, был разбит большой сад; такой же сад, но меньшего размера, заложили на восточной террасе перед небольшим Дворцом «Терезианумом».
Старый дворец и «Терезианум» впоследствии приспособили под главную семинарию. В 1784 году по проекту Й. Таллера большие залы разделили и превратили в комнаты для занятий, библиотеки и общежитие для студентов и преподавателей. При этом декоративное убранство времен Марии-Терезии почти полностью было уничтожено. Пришли в запустение и сады замка, а караульные помещения превратились в хозяйственные. Однако погибающая резиденция сделалась очагом распространения национального самосознания и национального возрождения словацкого народа. И хотя в семинарии воспитывались семинаристы со всех краев Венгерского королевства, больше всего их было из Словакии.