Первым гарнизоном крепости стал полк Тимофея Трейдена, а сам он — первым комендантом форта. Ему в крепости была вручена инструкция по использованию артиллерии форта, ритуалу встречи судов и другим вопросам. Она наглядно отражала те задачи, которые форт должен был решать в начале XVIII века:
«Содержать сию ситадель с Божиею помощью, аще случится хотя до последнего человека и когда неприятель захочет пробиться мимо оной, тогда стрелять, когда подойдет ближе, и не спешить стрельбою, но так стрелять, чтобы по выстрелении последней пушки первая, была готова и чтоб ядер даром не стрелять.»
Сначала новый форт вооружили только четырнадцатью 6-дюймовыми орудиями, но уже тогда вражеский флот не мог беспрепятственно подойти к Санкт-Петербургу и вынужден был вступать в бой за 25 верст от него.
Современники и единомышленники Петра I прекрасно понимали значение первого русского форта на Балтике и называли его «чудом-делом». Вскоре коменданту Кроншлота пришлось применить инструкцию на практике. Уже 12 июня на горизонте показались паруса шведской эскадры — 1 линейный корабль, 5 фрегатов и 8 небольших судов. Не сумев прорваться к Санкт-Петербургу мимо Кроншлота, шведы попытались высадить на остров Котлин десант, но были отброшены. Затем они двое суток обстреливали крепость, но издали попасть в маленький форт им не удавалось, а подойти ближе они не решались из-за плотного огня русских.
После неудачи летнего нападения шведы предприняли зимний набег на Котлин. В конце января 1705 года 1000 шведов ночью перешли Финский залив, напали на остров, истребили его гарнизон, сожгли город, дворец и зимовавшие корабли. Так сказано об этом набеге в изложении одного шведского историка, но русские корабли не зимовали у Котлина до 1710 года, а город и дворец были построены еще позже. Однако шведы, видимо, все же побывали на острове, так как об этом есть намек в письмах Петра I, но их нападение уже не могло задержать дальнейшего развития крепости.
Было ясно, что неприятель не отступится, было ясно и то, что оборону Котлина и Кроншлота следовало усилить. Учитывая опыт боевых действий, вице-адмирал К.И. Крюйс (перешедший в русскую службу из Голландии) в своих донесениях и письмах Петру I постоянно указывал на необходимость усилить на острове артиллерию, построить укрепления, рассчитанные на размещение в крепости постоянного гарнизона в 1500 человек, и соорудить вблизи Кроншлота еще одну морскую крепость.
Шведский король Карл XII вначале не придавал значения приобретениям России: шведы имели тогда мощный флот, но по ряду причин не могли использовать его против нарождающегося русского флота. Шведский король был занят низвержением польского короля Августа, а кроме того, в 1704 году силы шведов отвлекала Лифляндия. Только взятие русскими войсками в 1704 году Нарвы и Дерпта заставило Швецию принять решительные меры против водворения России на Балтике, поэтому с весны 1705 года они начали усиленно готовиться к новому походу.