Недостаточная для прохода больших кораблей глубина воды в устье Невы побудила Петра I еще до заложения Санкт-Петербурга искать место, где бы можно было возвести военную и купеческую гавань. Борьба за устье Невы и за Прибалтику потребовала от русского народа огромных усилий и жертв, затяжной и кровопролитной оказалась и война со Швецией. Поэтому, когда уже начал строиться Санкт-Петербург, во что бы то ни стало нужно было найти подходящее место для постройки крепости, которая бы защищала город от набегов вражеского флота.
В 1703 году таким местом был выбран остров Котлин, стратегическое значение которого Петр I оценил сразу же. Расположенный на расстоянии 16 миль к западу от Санкт-Петербурга, Котлин словно самой природой был предназначен к тому, чтобы на нем расположился русский форпост на Балтийском море. Сделав промер между островом и мелью, лежащей к югу от него, русский царь решил возвести на ней крепость. Возложив строительство на А.Д. Меншикова, Петр I уехал в Воронеж, откуда прислал модель деревянной 3-ярусной башни с земляными насыпями, по которой она и сооружалась.
Деревянную оборонительную постройку в 1704 году начали возводить солдаты, руководимые А.Д. Меншиковым. Несмотря на зимнее время и связанные с этим трудности, форт создавался с «великой поспешностью» и в великой тайне от шведов, поэтому точная дата его закладки неизвестна. Строительство велось быстро, и к весне постройка была закончена. Основанием башни служили рубленные из круглых бревен ящики-ряжи, загруженные булыжным камнем и затопленные на глубину мели — 3,35 метра. Это был старинный прием устройства подводных оснований, использовавшийся на Руси повсеместно при возведении мостов, плотин и мельниц. Верх ряжей заканчивался помостом, расположенным на 1,37 метра ниже воды; на помост поставили сплошные срубы до отметки 1,37 метра выше воды, а потом здесь установили сплошной бревенчатый накат-мост, который в плане имел вид 10-гранника. На мосту возвели трехъярусную мазанковую башню в деревянном каркасе, тоже 10-гранную. Стены башни были выполнены из деревянного каркаса, заполненного глиной, смешанной с песком и измельченной соломой: толщина их достигала полутора метров. Башня завершалась шатровой крышей, увенчанной фонариком со смотровой площадкой. Выше фонарика возвышался флагшток для подъема государственного и сигнальных флагов. Общая высота башни от ординара воды до верха флагштока составляла 36,57 метра.
В мае 1704 года Петр I в сопровождении митрополита Новгородского и других особ отплыл из Санкт-Петербурга для освящения новой крепости, после чего началось трехдневное торжество. Потом уже из северной столицы последовал царский указ, чтоб «никто новопостроенную крепость каланчею или цитаделью не называл, а называли бы Кроншлот».