Шотландцы отвоевали замок, но все его сооружения, кроме часовни Святой Маргариты, оказались почти разрушенными. Через 40 лет им пришлось снова отвоевывать свой замок, и снова шотландцы уступали англичанам в силе и численности войск. Однако и на этот раз их выручила смекалка. В замок послали группу переодетых воинов якобы для продажи вина и продовольствия. «Торговцы» так расположили свои товары, что помешали закрыть ворота, это и позволило шотландским войскам ворваться в замок.
С конца XIV века, с приходом к власти династии Стюартов, замок служил и королевской резиденцией, и тюрьмой для непокорных феодалов, а позже и убежищем для самих королей во время битв и придворных распрей. Как раз к этому бурному времени и относятся замковые сооружения и стены, которые возвышаются над надвратной башней. Особенно в этом отношении выделяется Батарея-полумесяц — не очень высокая, но кажущаяся несокрушимым монолитом. Ее возвели в тот период, когда появилась крепостная артиллерия и в крепостном строительстве стали отдавать предпочтение не высоте, а толщине стен.
Одновременно с Батареей возвели и вторую надвратную башню — небольшое сооружение под высокой черепичной крышей. Если бы не почти полное отсутствие окон, издали эту башню можно принять за мирное жилище. Башня имела 4 защитных барьера: две двойные наружные двери, железную решетку, которую опускали, блокируя доступ атакующим, и внутреннюю двойную дверь.
Вторую надвратную башню выстроили в 1574 году, а позднее ее назвали в память маркиза Аргайла. В годы реставрации монархии Стюартов он, несмотря на союз с роялистами, был казнен как бывший сторонник Оливера Кромвеля. По преданию ночь перед казнью маркиз провел в этой башне, а в 1680-х годах в нее был заключен и его сын, выступивший против короля Якова II.
В XVII веке Эдинбургский замок не остался в стороне от религиозных войн, всколыхнувших всю Европу. С 1640-х годов он находился в руках партии Ковенанта, поддерживавшей завоевания шотландских реформаторов и энергично противившейся вмешательству английского короля Карла I в политику Шотландии. В 1650 году, через год после казни короля Карла I, Эдинбургский замок был захвачен О. Кромвелем, с которым раньше шотландцы были союзниками.
Последняя осада замка относится к 1745 году, когда его атаковали войска Чарльза Эдуарда Стюарта — претендента на английский престол. Памятью об этих днях остался так называемый Дом с ядром. По преданию ядро, застрявшее в стене, послали в войска короля Чарльза из замка, но оно не достигло цели. Военная история замка на этом кончается, и с первой четверти XIX века к нему начали относиться как к национальной святыне.