Воспоминания современников полны восторженных отзывов о нем как о непревзойденном исполнителе и импровизаторе. Вот что, к примеру, писал в 1639 году французский виолист Могар: «Не без основания этот известный органист пользуется такой большой славой в Европе. И, несмотря на то что печатные произведения дают достаточно свидетельств его способностей, нужно послушать, как он импровизирует токкаты, полные тонких и поразительных находок, чтобы иметь суждение о его глубоком мастерстве. Он образец для всех наших органистов — надо приехать в Рим, чтобы послушать его». Выпущенный в 1792 году словарь Гербера называет Фрескобальди «отцом подлинного органного стиля».
К Фрескобальди приезжали учиться музыканты из многих стран Европы. Среди его учеников, в частности, был немецкий композитор и органист Иоганн Якоб Фробергер, один из выдающихся предшественников И. С. Баха Фрескобальди издал 8 сборников, которые дают возможность проследить эволюцию Фрескобальди и как исполнителя, и как композитора. Так в 12 фантазиях, выпущенных в 1608 году в Антверпене, новаторские искания в сфере тематизма и приемов его варьирования сочетаются с дерзновенным экспериментированием в области гармонии. Фрескобальди часто применяет диссонансы, которые, по выражению современников, «обжигают пальцы». Использует музыкант и внезапные модуляции, задержания, хроматизмы. Все перечисленные средства используются для усиления драматической выразительности.
Большой интерес представляют требования, которые Фрескобальди предъявляет к исполнению. В предисловии к первому сборнику токкат и партит «А1 Lettore» 1614 года, названном «К изучающему», звучит настоящий манифест, утверждающий манеру исполнения, которая спустя столетие получила название tempo rubato. Свои теоретические положения Фрескобальди в 1624 году подробнее изложил во введении к сборнику каприччио, а также частично их повторил в наиболее известном собрании «Музыкальные цветы» в 1635 году.
«Фрескобальди утверждает, что его пьесы требуют свободной ритмической фразировки, не регулируемой границами такта, — пишет М.С. Друскин. — Он сравнивает ее с манерой исполнения мадригала, где ускорение и замедление темпа зависит от содержания текста. Фрескобальди рекомендует давать расширение движения в начале и в конце больших периодов; ясно отграничивать разделы формы, но помнить о художественном единстве пьесы; отчетливо „произносить“ орнаменты („последнюю ноту украшения или пассажа следует задержать, прежде чем пойти дальше“). Он требует артикулированного, а не механического исполнения пассажа („если в обеих руках пассажи, то на предшествующей ноте надо немного остановиться, чтобы затем сыграть их с большим блеском“); наконец, он вводит и тот прием ритмического украшения, который позднее получит наименование „ломбардской манеры“ (превращение равных по длительности шестнадцатых в ноты пунктирного ритма, где „не первая, но вторая шестнадцатая должна иметь точку“).