В конце года Чезаре покинул дворец Орсини и отправился в Перуджу, Лукреция горько оплакивала разлуку с братом и свое одиночество. Но потом она неожиданно начала понимать, что без Чезаре может наслаждаться свободой, избавиться от напряжения, хотя тут же решила, что ее мысли просто неуважительны по отношению к брату.
Лукреция взрослела, и ее религиозное воспитание требовало должного внимания; ведь для девочек из благородных семей во всей Италии такое образование служило основой дальнейшего обучения. Большинство из них отправляли в монастыри, но Родриго с тревогой думал о судьбе дочери, поскольку поведение в монастырях нельзя было назвать безупречным, и он решил оградить Лукрецию от дурного влияния. Как ему было известно, семейство Колонна посылало своих дочерей в Сан Сильвестро в Капите и в монастыри Санта Мария Ниова и Сан Систо. Родриго решил, что они равны во всех отношениях, и выбрал для дочери Сан Систо. Она пребывала там недолго, часто возвращалась в Монте Джордано, где ее обучали языкам — испанскому, греческому — и рукоделию.
Совсем необязательно, чтобы его маленькая дочка, говорил Родриго Адриане, стала ученой. Он хотел, чтобы Лукреция получила широкое образование и в будущем могла бы составить компанию ему самому. Жизненно важно научиться держать себя, уметь выглядеть знатной дамой, чтобы занять свое место среди королей и принцев. Он хотел, чтобы она вела себя скромно. Ее уравновешенный характер придавал ей очаровательную грациозность, которая проявлялась даже в семилетнем возрасте, когда она только начала осваивать искусство очаровывать. Кардинал хотел, чтобы она сохранила свое умение завоевывать любовь окружающих. Видя, как год за годом его маленькая любимица становится все красивее, отец становился более честолюбивым, строя планы для дочери.
Монахини Сан Систо быстро полюбили маленькую ученицу, не только за красивую внешность и очаровательные манеры, но главным образом за ее страстное желание сделать что-то приятное каждому и подружиться с ним. К тому же, скорее всего, до них доходили слухи, что в действительности эта девочка приходится родной дочерью великому Родриго Борджиа, богатейшему кардиналу, у которого, как говорили в высших кругах, есть все шансы стать однажды папой.
Когда Лукреция провела во дворце на Монте Джордано три года, муж Адрианы Людовико умер. Дом погрузился в траур. Адриана закрыла лицо черной вуалью и много времени проводила со своими священниками. Лукреция уверилась, что Адриана очень хорошая женщина.
Однажды, когда Лукреция вернулась из Сан Систо на Монте Джордано и села обедать вместе с Адрианой и Орсино, она с сожалением подумала о вдове, которая должна есть и пить из глиняной посуды после смерти мужа, в то время как перед ними серебряные приборы.