Проект преобразований, составленный Сперанским в либеральном духе и приводивший в систему мысли, высказанные самим государем, осуществлён был лишь в незначительной мере. Указом от 6 августа 1809 г. обнародованы правила производства в чины во гражданской службе и об испытаниях в науках для производства в 8-й и 9-й классы чиновников без университетских аттестатов. Манифестом от 1 января 1810 г. прежний «постоянный» Совет преобразован в Государственный с законо-совещательным значением. «В порядке государственных установлений» Совет составлял «сословие, в коем все части управления в главных их отношениях к законодательству» соображались и через него восходили к верховной императорской власти. Посему «все законы, уставы и учреждения в первообразных их начертаниях предлагались и рассматривались в Государственном совете и потом, действием державной власти, поступали к предназначенному их совершению».
Государственный совет подразделялся на четыре департамента: в департамент законов входило всё то, что по существу своему составляло предмет закона; комиссия законов должна была представлять в этот департамент все первоначальные начертания законов, в ней составляемых. В департамент военных дел входили «предметы» министерств военного и морского. В департамент гражданских и духовных дел входили дела юстиции, управления духовного и полиции. Наконец, к департаменту государственной экономии принадлежали «предметы общей промышленности, наук, торговли, финансов, казначейства и счётов». При Государственном совете находились: комиссия составления законов, комиссия прошений, государственная канцелярия. Вместе с преобразованием Государственного совета манифестом от 26 июля 1810 г. к прежним министерствам присоединены два новых учреждения: министерство полиции и главное управление ревизии государственных счётов. Наоборот, дела министерства коммерции распределены между министерствами внутренних дел и финансов, а самое министерство коммерции упразднено.
Наравне с реформой центрального управления продолжались преобразования и в сфере духовного просвещения. Свечные доходы церкви, определённые на расходы по устройству духовных училищ ( 1807 г.), доставили возможность увеличить их количество. В 1809 г. открыта духовная академия в Петербурге и в 1814 г. – в Сергиевской лавре; в 1810 г. учреждён корпус инженеров путей сообщения, в 1811 г. основан Царскосельский лицей, а в 1814 г. открыта Публичная библиотека.
Но и второй период преобразовательной деятельности нарушен был новой войной. Уже вскоре после Эрфуртской конвенции обнаружились несогласия между Россией и Францией. В силу этой конвенции император Александр выставил 30-тысячный отряд союзного войска в Галиции во время австрийской войны 1809 г. Но этот отряд, состоявший под начальством князя С. Ф. Голицына, действовал нерешительно, так как явное стремление Наполеона восстановить или, по крайней мере, значительно усилить Польшу и его отказ утвердить конвенцию 23 декабря 1809 г., предохранявшую Россию от такого усиления, возбуждали сильные опасения со стороны русского правительства.