Оживление научной деятельности началось после провозглашения независимости (1822). В начале 19 в. в Рио-де-Жанейро создаётся Национальный ботанический сад, в 1827 Национальная обсерватория, в 1829 Национальная медицинская академия, в 1838 Институт истории и географии. Иностранные учёные снаряжали экспедиции для изучения флоры, фауны и полезных ископаемых Б. (Жоффруа Сент-Илер, Дж. Гарднер, А. Уоллес, А. Орбиньи, П. Лунд, Л. Агассис и др.). Большое значение имела русская академическая экспедиция 1821—28, возглавлявшаяся членом Петербургской АН Г. И. Лангсдорфом.
Развитие производительных сил в Б. во 2-й половине 19 в. усилило потребность в национальных кадрах исследователей, особенно в таких отраслях, как производство кофе, какао, хлопка, и в горнодобывающей промышленности. В 1887 создаётся с.-х. опытная станция в г. Кампинас, на базе которой затем возник с.-х. институт. В связи с распространением чумы в районе г. Сантус был создан (1901) биологический институт «Бутантан» в Сан-Паулу, получивший мировую известность работами в области тропической медицины; в институте разработаны сыворотки против змеиного яда и вирусных заболеваний. В 1900 в Рио-де-Жанейро организован Институт микробиологии и эпидемиологии им. О. Круса, ставший в дальнейшем центром по производству вакцин. В 1917 создан Инженерный институт в Сан-Паулу.
До 1-й мировой войны научная работа в Б. велась главным образом в области биологических и с.-х. наук. Среди бразильских учёных 2-й половины 19 и начала 20 вв.: ботаники Ф. Фрейре Алеман, Ж. Барбоза Родригис, Ж. Монтейру Каминоа, А. ди Силвейра, Ф. Хене, авторы фундаментального труда «Флора Бразилии» в 40 тт. (начиная с 1880); зоологи А. Коррея ди Ласерда, К. Морейра; биолог О. Крус; медик и натуралист генерал К. М. да Силва Рондон. В области физико-математических наук работали учёные, натурализовавшиеся в Б.: французский учёный Э. Лие (геодезия и астрономия); его преемник бельгийский астроном Л. Крюльс; физик и астроном, один из основателей Бразильской АН Э. Морис. Среди бразильских математиков — Ж. Гомис ди Соза (математический анализ) и О. ди Аленкар, алгебраист (занимавшийся также приложениями математики к физике и электротехнике).
Основывается Бразильское научное общество. В 1916 оно было преобразовано в Бразильскую АН. В её составе 5 отделений: математических, физических, химических, геологических, биологических наук; издаёт с 1929 научный журнал «Anais». Бразильская АН научно-исследовательских институтов не имеет. Её основная задача — содействие развитию науки в стране. В 20—30-х гг. большая часть исследований концентрируется в институтах. Возросшее значение науки в экономике и обороне страны после 2-й мировой войны поставило перед правительством Б. в 50-е гг. задачу интенсивного развития естественно-технических наук и подготовки научных кадров. В 1951 был принят закон о создании подчинённого президенту Национального совета по исследованиям. В его ведении: Национальная комиссия по атомной энергии и Национальная комиссия по космосу, Бразильский центр физических исследований, Национальный технологический институт, Институт теоретической и прикладной математики, Институт по исследованию Амазонки, Бразильский институт библиографии и документации. Организованы исследования в новых направлениях: по математике в институтах математики при университетах Рио-де-Жанейро (институт основан в 1952), Сеара (1957) и Ресифи (1952); по ядерной физике — главным образом в институте атомной энергии (с атомным реактором) при университете Сан-Паулу (институт основан в 1956), исследовательские атомные реакторы имеются также в университетах Белу-Оризонти и Рио-де-Жанейро. В университете Сан-Паулу создан центр но изучению и использованию радиоактивных изотопов в медицине. Работы по теоретической и прикладной физике ведутся в физических институтах при университетах Риу-Гранди-ду-Сул и Рио-де-Жанейро.