По мере раскручивания сюжета становится ясно, что Нео — последняя надежда человечества. Остальные потенциальные мессии подверглись испытанию и провалились. Команда приходит в нетерпение, а Сайфер уже готов поднять лапки кверху за весь род человеческий. Однако как раз в тот момент, когда сомнения достигают своего пика, потому что Сайфер почти уничтожает остатки человечества, сдавая Сион, Бог появляется вновь в развертывающейся у нас на глазах драме. По иронии судьбы, когда Сайфер саркастически замечает, что лишь чудо остановит его, Танк неожиданно встает и действительно останавливает предателя. Позже, когда Нео собирается вернуться в Матрицу, чтобы спасти Морфеуса, Танк спрашивает у него: «Так что тебе нужно, кроме чуда?» Несомненно, это чудо свершается, и Морфеус возвращается из Матрицы живым. Наконец, когда в последние секунды фильма кажется, что все потеряно, потому что герои не успеют активировать электромагнитный импульс и часовые Матрицы вот-вот уничтожат все живое на борту «Навуходоносора», Нео возвращается к жизни, и положение спасено. Все эти три события являются самыми настоящими чудесами, необъяснимыми без восстановившегося расположения Бога.
Ситуация, в которой герой покидает свой отряд, а потом внезапно появляется в последний момент и спасает положение, — обычное дело для кинематографа. В данном случае этот ход был использован для того, чтобы очень тонко обозначить присутствие Бога.
Хотя люди в Матрице кажутся атеистами, поскольку они не демонстрируют ни знания Бога, ни веры в него, по своей сути фильм глубоко религиозен в том, что рассказывает об изгнанниках, возвращающихся в Сион. Или, если быть точнее, о Сионе, возвращающемся на предназначенное ему место на земле. Без действующего за кулисами Бога невозможно объяснить воскрешение Нео и прочие чудесные явления в фильме. Откуда пришел Избранный, если не от Бога? Откуда Пифия узнала о будущих событиях, если она не была вписана в божественный план спасения? Может, Бог и «скрывал свой лик» два столетия подряд, предшествовавших началу «Матрицы», однако, когда объявляется Нео, Бог возвращается, и начинается восстановление. Похороненный под землей Сион вскоре будет возрожден, и у него начнется новая жизнь благодаря вмешательству Избранного, посланного Богом. Уцелевшие несколько человек в Матрице напоминают долину сухих костей у Иезекииля (Иез. 37), последние останки того, что когда-то существовало. Вот из этих «строительных блоков» Бог вновь создаст человечество, свободное от гнета Матрицы. Долгожданное восстановление уже близко.