Однако уже в августе 2007 года аппарат министра хозяйства Польши Гжегожа Вожняка распространил его официальное заявление: «Мы требуем начать повторные согласования, связанные с конвенцией о возможном воздействии на окружающую среду». Господин Вожняк предложил Швеции требовать от Nord Stream AG повторной процедуры оповещения в связи с изменением маршрута.
В ноябре 2007 года министр Швеции по вопросам охраны окружающей среды Андреас Карлгрен действительно потребовал повторной экологической экспертизы. По его словам, маршрут Nord Stream в шведской экономической зоне Балтики и около острова Готланд проходит через ряд «проблемных и полных риска зон», таких как природоохранный район «Натура 2000» и места захоронения мин и химического оружия.
На этом проблемы Nord Stream не исчерпались. Осенью 2007 года Эстония категорически запретила оператору проекта не только прокладку газопровода, но даже изучение морского дна в целях возможной прокладки. Это был шок, которого не ждали многие не только в Москве, но даже в Берлине и Таллине.
Солнечным сентябрьским утром парламент Эстонии начал рассмотрение возможностей проведения компанией Nord Stream AG исследований в морской экономической зоне страны. Накануне эксперты прогнозировали, что это будет первое положительное решение властей Эстонии в отношении Nord Stream, – все–таки посредником выступил официальный Берлин. Еще в июле Таллин посетил министр иностранных дел Германии Франк Вальтер Штайнмайер и потребовал консолидации мнений стран ЕС в отношениях с Россией по «общеевропейскому проекту». На заседании правительства Эстонии в тот день министр иностранных дел страны Урмас Паэт действительно предложил одобрить вопрос изучения компанией Nord Stream AG дна Балтийского моря в морской экономической зоне страны.
За полгода до этого правительство Финляндии порекомендовало Nord Stream AG изменить маршрут газопровода в Финском заливе и провести его южнее, по экономической зоне Эстонии. 31 мая Nord Stream AG обратилась к правительству Эстонии и Дании с просьбой дать разрешение исследовать экономическую морскую зону на предмет возможной прокладки газопровода. Дания согласовала новый маршрут за три часа, Эстонии потребовалось почти четыре месяца.
Проекту явно не везло, поскольку именно 2007–й был годом политического противостояния Таллина и Москвы, когда бронзовый памятник Советскому воину–освободителю вывезли из центра эстонской столицы и в столицах обеих стран прошли массовые демонстрации протеста. В тот решающий день в эстонском парламенте депутат от Партии реформ Игорь Грязин категорически высказался против Nord Stream и даже пригрозил внести на повторное рассмотрение парламента законопроект «О морской границе», предполагающий расширение границ территориальных вод Эстонии на три морские мили (5,5 км) в сторону Финляндии.