Дурная репутация Нерона привела к тому, что массы населения пребывали в уверенности, что Рим подожгли по приказу императора. Современники были уверены в виновности принцепса, даже несмотря на казнь обвиненных в причастности к пожару христиан, а восстановление и перестройка города только убеждали в причастности Нерона к пожару. Другим следствием была необходимость крупных затрат, что, возможно, стало исходной точкой конфликта и с провинциями. Вероятно, первой реакцией на пожар стал так называемый заговор Пизона. Состав его участников был весьма пестр. Сенаторы и всадйики были недовольны автократическим курсом и процессами об оскорблении величия. Преторианцы возмущались не только Нероном, но и Тигеллином, кроме того, в свое время в гвардии была очень популярна Агриппина. Наконец, многие из заговорщиков имели личные мотивы.
Все заговорщики сходились в необходимости убить Нерона, и почти все считали, что его надо заменить другим принцепсом. Несколько раз покушение срывалось, наконец, было решено убить Нерона 12 апреля 65 года. Буквально накануне покушения либерт Сцевина Мнлих донес на Сцевина и Натала. Арестованные Сцевин и Натал вскоре выдали Пизона, Лукана, Квинциана и Глития Галла. В числе причастных к заговору был назван и Сенека. Город объявили на осадном положения, везде были расставлены караулы. Следствием руководил Тигеллин. Гражданская часть заговорщиков была разгромлена. Пизон, Лукан, Сенецион, Квинтиан и Сцевин покончили с собой, то же самое заставили сделать и Сенеку. Кроме участников заговора Нерон уничтожил и других неугодных ему людей, в том числе консула Аттика Вестина, мужа своей любовницы Статилии Мессалины, позволявшего себе независимое поведение.
После разгрома ядра заговорщиков начались массовые изгнания и ссылки. В изгнание ушли многие представители интеллигенции. Таким образом, Нерон ликвидировал многих сенаторов и всадников и значительную часть командного состава преторианцев.
Вторым префектом претория стал сын греческой куртизанки Нимфидий Сабин, гвардия получила по 2 000 сестерциев на человека, а сенат принял решение о молебствии богам. Апрель был назван Неронием, и испуганный сенат даже хотел объявить принцепса богом, от чего тот отказался.
В том же году снова отпраздновали Неронии, и император выступил в роли кифареда.
Во время одной из семейных ссор Нерон нечаянно убил Поппею, ударив беременную императрицу ногой в живот. Поппея была обожествлена, а ее тело по восточному обычаю забальзамировано и перенесено в мавзолей Августа.
В 66 году против Нерона был организован новый заговор, который возглавил приемный сын Корбулона Анний Винициан. Судя по жертвам, принесенным Арвальскими братьями 19 июня, заговор произошел летом. Винициан хотел убить Нерона в Беневенте. Лидеры заговора были казнены, и среди жертв была дочь Клавдия Антония.