Фока нашел общий язык с виднейшими представителями столичной знати: прежние посты сохранили многие вельможи Маврикия, в том числе перешедшие на сторону Фоки Герман и Прииск. Фока получил также поддержку римского папы Григория I, который закрывал глаза на казни и насилия узурпатора и усматривал в произведенном им перевороте «перст божий». В угоду папе Фока сменил равеннского экзарха и поставил на этот важный пост человека приятного Григорию I.
Вместе с тем в своей внутренней политике правительство Фоки с самого начала натолкнулось на непримиримую оппозицию рабовладельческой аристократии, синклита, крупных землевладельцев, высших чиновников и командиров армии. На сопротивление этой оппозиции Фока ответил жесточайшим террором, коснувшимся в первую очередь старой аристократии и сторонников свергнутой династии.
По его приказу были казнены один из лучших византийских полководцев Каментиол, патрикий Константин Лард, начальник арсенала Ельпидий, которому вырезали язык, выкололи глаза, отрубили руки и ноги и в таком виде бросили в лодку, которая была затем подожжена.
Террор Фоки коснулся не только высшей знати. Суровые репрессии были направлены против монофиситов и евреев, составлявших важнейшую часть торгово-ремесленного населения сирийских городов. В наиболее значительных из них — Антиохии и Лаодикии — вспыхнули движения димов, разгромленные войсками Фоки.
Фока не сумел провести какие-либо социально-экономические реформы и тем самым обманул надежды народа, приведшего его к власти. Несколько раз против него устраивались заговоры, но они были раскрыты и подавлены с большой жестокостью. Наконец и константинопольские низы отвернулись от императора. По сообщению Феофана, в 609 году во время конских игр прасины ругали Фоку и кричали, намекая на его любовь к спиртному «Опять ты выпил свою чашу и смысл потерял!». Император велел схватать крикунов, многих изуродовать, а отсеченные члены повесить на столбах ипподрома, другим отрубить головы, иных посадить в мешки и утопить в море. В ответ прасины сожгли преторию, разбили тюрьмы и выпустили заключенных.
В правление Фоки в стране по существу началась подлинная гражданская война, охватившая Киликию, Сирию, Палестину, Малую Азию и Египет. Внутренние смуты сделали доступной дорогу в империю ее внешним врагам.
Славяно-аварский натиск византийское правительство уже не могло остановить. Балканский полуостров был фактически открыт для вторжения северных соседей.
Значительно более напряженной стала ситуация и на восточной границе. Маврикию удалось стабилизировать отношения с Персией и в 591 году подписать выгодный для Византии договор. На протяжении целого десятилетия персы не нарушали мира, и восточные пределы империи пользовались столь необычным для них покоем.