Уже в 1941 году немцы оккупировали территорию Эстонии и включили ее в состав рейхскомиссариата «Остланд». Но для показательной демонстрации самостоятельности Эстонии они создали так называемое «эстонское самоуправление», в состав которого вошли местные фашисты во главе с Хильмаром Мяэ.
Оккупанты возродили организацию «Омакайтсе» («Самозащита»), состоявшую только из эстонцев. Подразделения «Омакайтсе» использовались для проведения карательных акций, охраны тюрем, лагерей, коммуникаций и важных объектов, розыска и задержания партизан, конвоирования угоняемых в рабство в Германию советских людей. По сохранившимся отчетам «Омакайтсе», только летом 1941 г. участники этой организации убили 946 советских активистов, совершили 426 нападений на советские государственные учреждения. К 1 ноября 1941 г. они арестовали 41 135 человек, из которых казнены на месте «из—за оказанного сопротивления» 7357 человек.[98]
Особое внимание уделялось этнической чистке оккупированной территории, в первую очередь, от евреев. Вмешательства немцев при этом не потребовалось — все делалось силами эстонских добровольцев. Бригаденфюрер СС Франц Вальтер Шталекер докладывал 25 октября 1941 г. руководителю РСХА Р. Гейдриху:
«В Эстонии благодаря сравнительно небольшому количеству евреев не представлялось возможным провоцировать погромы… Большая часть тех 4500 евреев, которые жили в Эстонии в начале наступления на Востоке, бежала вместе с отступающими войсками Красной Армии. Осталось около 2000 человек. В одном Таллине жило около 1000 евреев. Арест всех евреев мужского пола в возрасте старше 16 лет был почти закончен. Все они были казнены «частями самообороны» под руководством «айнзатцкоманды 1А».[99]
Но евреями этнические и политические чистки не ограничились. Эстонская полиция и «силы самообороны» ликвидировали сторонников советской власти (к которым зачастую просто причислялись все русские жители городов и сел), эстонцев — членов левых организаций (в т. ч. социал—демократов), а также крестьян, получивших землю в результате аграрных реформ в Эстонии в 20–е годы и в 1940 г. После занятия вермахтом Тарту летом—осенью 1941 г. в противотанковом рву близ населенного пункта Лемматси отряды «Омакайтсе» убили более 12 тысяч мирных жителей и советских военнопленных.
Рвение эстонских властей на службе у новых хозяев зачастую опережало официальные распоряжения. Например, сразу после так называемой «конференции Ваннзее» в Берлине в январе 1942 г., на которой было принято решение о полном уничтожении евреев в Европе, в эстонской политической полиции был образован специальный отдел, занимавшийся «окончательным решением еврейского вопроса». К концу января 1942 г. практически все не успевшее бежать с отступающей Красной Армией местное еврейское население было уничтожено. Это позволило главе эстонского «самоуправления» Хильмару Мяэ с гордостью отрапортовать своим берлинским хозяевам о превращении подведомственной ему территории в «юденфрай» — зону, свободную от евреев.