Решив местный «еврейский вопрос», эстонские полицейские части занялись ликвидацией евреев, перевезенных из других стран, в основном из Чехии. Например, 5 сентября 1942 г. в местечко Каасику прибыл эшелон (1000 человек) из гетто Терезиенштадт. Все они были расстреляны сотрудниками эстонской политической полиции. Через неделю такая же судьба постигла и евреев, доставленных из Берлина.
До самого конца так называемого «эстонского самоуправления» репрессии и казни не прекращались. Буквально за несколько дней до освобождения Таллина эстонские каратели расстреляли около тысячи заключенных Центральной тюрьмы.
Немцы нуждались не только в карателях. Им были необходимы крупные эстонские воинские части для фронта. 28 августа 1942 г. генеральный комиссар Эстонии К. Лицман обратился к народу с призывом вступать в эстонский легион СС для участия в борьбе против большевизма. Под «большевизмом» понималось участие в войне на стороне немцев. 13 октября первые добровольцы, отобранные в соответствии с требованиями, предъявляемыми к личному составу войск СС, отправились в учебный лагерь «Дебица» на территории Польши. Из наличного состава удалось сформировать три батальона, объединенных затем в 1–й эстонский гренадерский полк СС. В марте 1943 г. 1–й батальон полка, получивший название «Нарва», был отправлен на фронт и включен в состав 5–й танковой дивизии СС «Викинг». Он участвовал в Курской битве, а в феврале 1944 г. был почти полностью уничтожен бойцами Красной Армии в Корсунь—Шевченковском котле.
Тем временем, ввиду нехватки добровольцев, оккупанты ввели для эстонцев обязательную воинскую службу Третьему рейху. К маю 1943 г. полк, получив значительное пополнение, развернулся в 3–ю эстонскую добровольческую бригаду СС под командованием бригаденфюрера Ф. Аусбергера. Первое время она действовала против партизан на территории Эстонии. 17 ноября 1943 г. бригада прибыла на фронт в районе Невеля. Для координации связи с германской оккупационной администрацией была создана генеральная инспекция эстонских войск СС во главе с генералом эстонской армии Йоханнесом Соодлой.
В начале 1944 г. эстонская бригада была пополнена за счет 658–го, 659–го и 660–го полицейских батальонов. 24 января на ее базе была развернута 20–я дивизия СС численностью 15 тысяч человек. Она сражалась с Красной Армией под городом Нарва до августа 1944 года. Здесь шли ожесточенные бои, в которых вместе с немецкими частями, эстонскими и латышскими эсэсовцами против Красной Армии сражались подразделения 11–й дивизии СС «Нордланд» (в ее 23–м гренадерском полку «Норге» служили норвежские, а в 24–м гренадерском полку «Данмарк» — датские добровольцы), голландского легиона СС «Нидерланды», фламандской бригады СС «Лангемарк», бригады СС «Валлония». Два последних формирования были укомплектованы гражданами Бельгии (фламандцами и валлонами — представителями двух основных этносов этой страны).