Прибыв в армию, Навуходоносор стал готовиться к походу на Иерусалим. Под Иерусалим вавилонская армия прибыла весной, и Навуходоносор узнал приятную для себя новость — скончался сторонник египтян иудейский царь Иоаким и на трон взошел его сын Иехония. Но и Иехония вовсе не желал добровольно становиться данником вавилонян и сдавать свою столицу на милость победителя. Три месяца продолжалась осада Иерусалима, и наконец через пролом в крепостной стене лучший полководец Навуходоносора — Нергал-шарру-уцур во главе штурмующей колонны ворвался в город...
С необычайной даже для тех времен жестокостью Навуходоносор обошелся с евреями. Иудейский царь со всей своей семьей и наиболее знатными лицами, совместно с тысячами военнопленных, ремесленников был отправлен на поселение в Вавилон, в так называемое "вавилонское пленение", отраженное в библии. Знаменитый иерусалимский храм был разграблен дотла, вывезены священные сосуды — святыня еврейского народа.
Падение столицы самого сильного государства в странах "Серебряного Полумесяца" было воспринято в Египте с большой тревогой — Навуходоносор становился хозяином в тех районах, где еще совсем недавно всем распоряжался фараон. Собрав большое войско, состоящее в основном из наемников: греков, ливийцев, эфиопов,— фараон Нехо выступил против зарвавшегося вавилонского царя. Сражение было ожесточенным, и вавилоняне получили достойный отпор, и им пришлось даже отступать. Потери их были настолько велики, что забияке Навуходоносору пришлось целых двадцать месяцев пополнять свою армию новыми контингентами воинов и обучать их, сидя смирно в своей вотчине. Но и Египту этот успех достался такой дорогой ценой, что на новую войну с Вавилоном у Нехо не было уж сил.
Так что когда Навуходоносор появился со своей армией в Палестине, противостоять ему уже никто не мог. Радость освобожденной Иудеи оказалась очень кратковременной. Вавилонские войска вновь штурмом овладели Иерусалимом, и теперь уже камня на камне не оставили от этого города.
В пламени пожарищ Иерусалима рухнула мечта евреев о свободе и независимости их государства. Окончательно развеялись надежды Иудеи, когда пришла весть о смерти энергичного Нёхо и о восшествии на египетский престол смирного Псамметиха II. Смена правителя всегда сопровождалась внутренними неурядицами. Теперь уже некому было противостоять Навуходоносору, и он прошелся опустошающим маршем по городам и весям стран "Серебряного Полумесяца". Пал город Аскалон, была завоевана Хатту. Заняв всю Сирию, Навуходоносор продвинулся до самой дельты Нила. Над древней страной Та-Кемет нависла реальная опасность порабощения. Сменивший мирного Псамметиха II фараон Априс срочно принялся за реорганизацию своей армии, ядро которой составили греческие наемники. Особое внимание новый фараон уделил укреплению ключевого города-крепости Пелусии, воздвигая новые форты и наращивая крепостные стены. Навуходоносор не решился идти на Египет, и отношения между двумя государствами напоминали настороженное перемирие. Чтобы наладить эти отношения, Априс выдал за царя Вавилона свою дочь Нитокрис. Этот брак для Навуходоносора оказался не менее прибыльным, чем даже завоеванные города. Помимо богатого приданого и молчаливого признания всех завоеваний вавилонян, Навуходоносор получил в жены прекрасную и умную женщину, незаурядного строителя и архитектора. Мало того, Вавилон и Египет благодаря этому браку заключили союз против все усиливающейся Мидии. К этому союзу примкнула и Лидия, встревоженная мощью Мидии.